| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1114106 | 137 (0.720) | 17 (0.110) | 11/126 | NT | 13.8% | intergenic (+35/+47) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1114131 | 104 (0.700) | intergenic (+60/+22) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACAT > USA300TCH1516_ALE/1114016‑1114196 | acttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGtt > 2:3687960‑M1/75‑91 (MQ=255) aaaaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgt > 1:88633/1‑91 (MQ=255) aaaaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgt < 1:1465634/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 2:1745232/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 1:445537/91‑1 (MQ=255) aGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttgt < 2:338874/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |