New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 1115642	170 (0.890)	17 (0.100)	11/146	NT	10.3%	intergenic (‑137/+47)	mntH_1/USA300TCH1516_01038	Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	= 1115662	142 (0.820)					intergenic (‑157/+27)	mntH_1/USA300TCH1516_01038	Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein

AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  USA300TCH1516_ALE/1115546‑1115642 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  <  USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573                                                                                                                                                                                             AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAA                                                                                                  <  1:953073/91‑1  ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG                                                                                                 >  1:2412092/1‑91   TAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACATTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGA                                                                                                >  1:3601410/1‑91    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               <  2:681385/91‑1    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               <  2:681295/91‑1    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               <  2:3876443/91‑1    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               >  1:280904/1‑91    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               <  1:2707561/91‑1    AAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAG                                                                                               <  1:2679665/91‑1 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    AAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGC                                                                                              <  1:2095669/91‑1      AATGTTTAGGTCACCCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA                                                                                             >  1:1025531/1‑91      AATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA                                                                                             >  2:3255968/1‑91      AATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTCTTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA                                                                                             >  1:756079/1‑91 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      ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC                                                                                            <  2:616438/91‑1       ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC                                                                                            <  2:616427/91‑1       ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC                                                                                            <  1:947909/91‑1       ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC                                                                                            <  2:3742914/91‑1            TAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAAT                                                                                       <  1:1291974/91‑1                         ATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATT                                                                          <  1:1375873/91‑1                           TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTC                                                                        <  1:2590099/91‑1                            TATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCG                                                                       <  1:2456936/91‑1                            TATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCG                                                                       <  2:532341/91‑1                             ATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGT                                                                      <  2:1476695/91‑1                              TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG                                                                     <  2:1450429/91‑1                              TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG                                                                     <  2:1695145/91‑1                              TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG                                                                     <  2:1033950/91‑1                               TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC                                                                    <  2:2824751/91‑1                               TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC                                                                    <  2:2824208/91‑1                                TTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCT                                                                   <  2:1006226/91‑1                                TTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCT                                                                   <  1:2939510/91‑1                                TTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCT                                                                   <  2:1906698/91‑1                                   ATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTT                                                                <  1:3336414/91‑1                                       TTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTT                                                            <  2:35928/91‑1                                            AAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAATAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAA                                                       <  2:3296772/91‑1                                                      TTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCG                                             <  1:2309322/91‑1                                                                                           AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT        >  1:775939/1‑91                                                                                           AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT        >  2:1725963/1‑91 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                                                                                           GAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAGTTA       >  1:3493839/1‑91                                                                                            GAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTA       >  1:790992/1‑91                                                                                            GAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTA       >  1:2623213/1‑91                                                                                            GAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTA       >  1:2623483/1‑91                                                                                             AGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAA      <  1:2081182/91‑1                                                                                             AGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAA      <  2:307863/91‑1                                                                                             AGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAA      <  1:3845316/91‑1                                                                                              GCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAA     >  2:2816965/1‑91                                                                                              GCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAA     >  1:3251840/1‑91                                                                                               CACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAA    >  1:2687478/1‑91                                                                                                ACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAAT   <  1:594096/91‑1                                                                                                ACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAAT   <  2:1120394/91‑1                                                                                                 CTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  >  1:64225/1‑91                                                                                                 CTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  >  1:1123481/1‑91                                                                                                 CTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  >  1:1123329/1‑91                                                                                                 CTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  >  2:1072120/1‑91                                                                                                                                                                                             AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  USA300TCH1516_ALE/1115546‑1115642 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA  <  USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.