| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 170 (0.890) | 17 (0.100) | 11/146 | NT | 10.3% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 142 (0.820) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTTTCTTCTAAAAATGCAATAAATGCTTT > USA300TCH1516_ALE/1115572‑1115751 | ttatttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTaa < 1:2965768/91‑1 (MQ=255) tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 1:1123329‑M2/1‑90 (MQ=255) tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 2:1072120‑M2/1‑90 (MQ=255) tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 1:64225‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgt < 2:1120394‑M2/91‑3 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgc > 2:2816965‑M2/1‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |