| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 170 (0.890) | 17 (0.100) | 11/146 | NT | 10.3% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 142 (0.820) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTTTCTTCTA > USA300TCH1516_ALE/1115552‑1115732 | aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 2:616438‑M1/91‑1 (MQ=255)aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 2:3742914‑M1/91‑1 (MQ=255)aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 1:947909‑M1/91‑1 (MQ=255) tGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACg < 1:1048163/91‑1 (MQ=255) tttAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGaa > 2:3321902/1‑91 (MQ=255) tAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAAt > 2:2116802/1‑91 (MQ=255) 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tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 1:1123329‑M2/1‑90 (MQ=255) atttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgt < 2:1476695‑M1/91‑23 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgc < 2:2824208‑M1/91‑25 (MQ=255) ttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgct < 2:1006226‑M1/91‑26 (MQ=255) tAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctc > 1:2623483‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctc > 1:3493839‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctct > 2:1148947‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctct > 1:775939‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctct > 2:1725963‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctct > 2:1888964‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgctctt < 1:3336414‑M1/91‑29 (MQ=255) ccttcgatcagttcttaccattttattctgcataaataactttgtttaaataatAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCtatt > 1:802850‑M1/55‑91 (MQ=255) ttttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgctctttttt < 2:35928‑M1/91‑33 (MQ=255) tttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTattatt > 1:3571308/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTa < 1:4388/91‑1 (MQ=255) tttttATTAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTaaa > 2:1957058/5‑91 (MQ=255) aaaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTaaa > 1:1512014/1‑91 (MQ=255) aaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGCAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAAc > 1:3096159/1‑91 (MQ=255) aaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAAc > 2:920121/1‑91 (MQ=255) aaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAAc > 1:1954730/1‑91 (MQ=255) aaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAAc > 2:703506/1‑91 (MQ=255) aGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACa > 1:1131408/1‑91 (MQ=255) gTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACaa > 1:2351334/1‑91 (MQ=255) tATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACaaa < 1:3027470/91‑1 (MQ=255) aTGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAg < 1:1858831/91‑1 (MQ=255) tGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGt > 1:1210948/1‑91 (MQ=255) gAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGtt > 1:2212392/1‑91 (MQ=255) aaTTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGtta < 1:1039377/91‑1 (MQ=255) attattATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTa > 1:1385021/1‑80 (MQ=255) tattatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttattt < 2:3122233/91‑1 (MQ=255) ttatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttatttat > 2:441573/1‑91 (MQ=255) ttatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttatttat > 1:1370523/1‑91 (MQ=255) tatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATg > 2:3241151/1‑91 (MQ=255) tGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCa < 2:3766937/91‑1 (MQ=255) ttGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGa < 2:3359908/91‑1 (MQ=255) tGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGaa < 2:1504461/91‑1 (MQ=255) gAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAAt < 2:1299227/91‑1 (MQ=255) aCGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaa > 1:2893120/1‑91 (MQ=255) aCGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaa < 2:3490930/91‑1 (MQ=255) aCGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaa < 1:3698691/91‑1 (MQ=255) aCGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaa > 1:1970127/1‑91 (MQ=255) cGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaaa > 1:2974143/1‑91 (MQ=255) ttCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAAt < 2:2865062/91‑1 (MQ=255) ttCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAAt > 2:3670650/1‑91 (MQ=255) cGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATgg > 2:800928/1‑91 (MQ=255) gATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGt > 1:1752310/1‑91 (MQ=255) gATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGt > 2:1611446/1‑91 (MQ=255) tttAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTaa > 2:2191682/1‑91 (MQ=255) tttAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTaa > 2:1430044/1‑91 (MQ=255) atatTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAAc > 1:2983160/1‑91 (MQ=255) tatTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACt < 1:2058183/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATc < 1:2423289/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATc > 1:2523596/1‑91 (MQ=255) gAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGa < 2:3015483/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGaa < 2:1202558/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGaa > 1:654296/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |