| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 171 (0.900) | 15 (0.100) | 9/130 | NT | 10.7% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 112 (0.730) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1117397‑1117293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatattacgcttttATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG > USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA < 1:737161/91‑1TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:592201/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 2:1527876/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 2:1527251/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 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USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |