| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 171 (0.900) | 15 (0.100) | 9/130 | NT | 10.7% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 112 (0.730) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1117203‑1117383 | caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata < 1:75496‑M1/1‑1 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata < 2:2792015‑M1/1‑1 (MQ=255)aGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCa < 1:920933/91‑1 (MQ=255) gAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCaa > 2:3871988/1‑91 (MQ=255) aaaTTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCaaa > 1:1274898/1‑91 (MQ=255) agtAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAg < 2:2845300/89‑1 (MQ=255) aacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAg > 2:2256204‑M1/87‑91 (MQ=255) aacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAg > 2:2257185‑M1/87‑91 (MQ=255) aTTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAg < 2:2174201/91‑1 (MQ=255) acacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGc < 1:858900‑M1/6‑1 (MQ=255) acacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGc > 2:3651338‑M1/86‑91 (MQ=255) tAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCg > 1:3188478/1‑91 (MQ=255) cacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCg < 2:3326575‑M1/7‑1 (MQ=255) cacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCg > 2:1295006‑M1/85‑91 (MQ=255) acgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGt < 2:3772704‑M1/8‑1 (MQ=255) aGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGt > 1:1751916/1‑91 (MQ=255) aGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGt > 1:1913095/1‑91 (MQ=255) cgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTa > 1:1824497‑M1/83‑91 (MQ=255) cgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTa < 1:2297834‑M1/9‑1 (MQ=255) gcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTaa > 1:2034709‑M1/82‑91 (MQ=255) cAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTaa > 2:1951551/1‑91 (MQ=255) cAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTaa > 2:817070/1‑91 (MQ=255) cAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTaa < 1:2326207/91‑1 (MQ=255) aaTGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAat < 2:1223576/91‑1 (MQ=255) ttgatttaagaccacacatgttcatgatgaagatttaactggttgtatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAatat > 1:3094459‑M1/79‑91 (MQ=255) ttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAatat < 1:291195‑M1/13‑1 (MQ=255) ttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAatat < 1:3369165‑M1/13‑1 (MQ=255) gATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATg < 2:550650/91‑1 (MQ=255) attattTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGt > 1:1735429/1‑91 (MQ=255) tttacgaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGcgtaatatctta < 1:3057724‑M1/17‑5 (MQ=255) tattTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAg < 2:2407366/91‑1 (MQ=255) tattTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAg > 2:3163494/1‑91 (MQ=255) tattTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAg > 1:129707/1‑91 (MQ=255) attTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGt > 2:75496/1‑91 (MQ=255) attTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGt > 1:3739803/1‑91 (MQ=255) tttAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTc > 1:2165012/1‑91 (MQ=255) ttAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTcc > 2:2297834/1‑91 (MQ=255) ttAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTcc < 1:1141840/91‑1 (MQ=255) agagCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTa > 1:1996369/1‑91 (MQ=255) gCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACa > 1:298715/1‑91 (MQ=255) cccACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAAt < 1:3503715/91‑1 (MQ=255) accaTGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAg < 2:2764536/91‑1 (MQ=255) ccaTGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAgg > 2:1524501/1‑91 (MQ=255) caTGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGt < 2:210247/91‑1 (MQ=255) tgatgCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTaa < 2:2930555/91‑1 (MQ=255) tgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACat > 2:1595677‑M1/55‑91 (MQ=255) tgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACat > 2:2159837‑M1/55‑91 (MQ=255) tgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACat > 1:2213151‑M1/55‑91 (MQ=255) tgCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACat < 2:2875410/91‑1 (MQ=255) tgCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACat > 1:1017845/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAGTTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACata < 2:2992348/91‑1 (MQ=255) cGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACatat < 1:2461567/91‑1 (MQ=255) cGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACatat < 1:2783724/91‑1 (MQ=255) cGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCCAACAATTAGGTAACatat > 1:467436/1‑91 (MQ=255) aacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTAc > 2:3077782‑M1/50‑91 (MQ=255) aaTACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACg > 1:1011285/1‑91 (MQ=255) aaTACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACg < 2:1275134/91‑1 (MQ=255) catttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttatggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGc > 2:3415961‑M1/48‑91 (MQ=255) catttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGc > 2:3369165‑M1/48‑91 (MQ=255) cAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAat > 2:518390/1‑55 (MQ=255) cAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAat < 1:518390/55‑1 (MQ=255) cAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGAttt > 2:2355694/1‑91 (MQ=255) aaTTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCtttt > 2:2908733/1‑91 (MQ=255) aactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTta > 2:2874030‑M1/43‑91 (MQ=255) aTTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTta < 2:682910/91‑1 (MQ=255) ttACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTtat > 1:3169538/1‑91 (MQ=255) tACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCttttggt > 1:2641740/1‑88 (MQ=255) ctggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATGTTACGCTTTtata > 1:1098249‑M1/41‑91 (MQ=255) aCATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATAc > 2:3046524/1‑91 (MQ=255) aCATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATAc < 1:1563412/91‑1 (MQ=255) aCATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATAc < 2:2601669/91‑1 (MQ=255) tGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCtt > 1:1527251/1‑91 (MQ=255) gAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTa < 1:817070/91‑1 (MQ=255) aacaacGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTaa > 1:718703/1‑91 (MQ=255) acaacGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTaaa < 1:91827/91‑1 (MQ=255) tttAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAACTAATaaa > 2:3454218/1‑91 (MQ=255) tttAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATaaa < 1:2414162/91‑1 (MQ=255) tttAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATaaa < 1:3311236/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATaaaaa < 1:3582551/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAac < 2:1457756/91‑1 (MQ=255) aaaGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAaca < 2:1879611/91‑1 (MQ=255) aaGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAacac > 1:3548088/1‑91 (MQ=255) aGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGACCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTATTATACCTTAAATAATAAAGACAcg > 1:3609415/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACAcgcg > 1:2638913/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACgcgc > 1:380889/1‑91 (MQ=255) aaTCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGcc > 2:1314046/1‑91 (MQ=255) tCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACATGCGCCaa > 2:3307003/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAata > 1:527488/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAata < 2:649534/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAatat > 2:2610171/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAatat > 2:2427885/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAatat > 1:1626879/1‑91 (MQ=255) ataatTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATaa < 2:1180803/91‑1 (MQ=255) atTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATCATAAAAACACGCGCCAATATAAAAc > 2:1161379/1‑91 (MQ=255) atTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAAc > 2:3089569/1‑91 (MQ=255) atTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAAc > 2:3088647/1‑91 (MQ=255) ttACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAAcc < 1:1150279/91‑1 (MQ=255) tACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCa > 1:2351240/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGt > 2:459166/1‑91 (MQ=255) AAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTa > 1:2590986‑M1/1‑91 (MQ=255) | AGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1117203‑1117383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |