| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1129293 = | 184 (0.970) | 13 (0.080) | 10/144 | NT | 7.6% | intergenic (+71/‑256) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1129331 = | 149 (0.870) | intergenic (+109/‑218) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CTATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAACTGTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1129389‑1129293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactgtccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/1129331‑1129420 CTATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAA < 1:353177/91‑1CTATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAA < 1:353899/91‑1CTATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAA > 1:510072/1‑91CTATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAA > 2:1679613/1‑91 TATCTTTATGTTTTCAGGTTGAATTTCATTATTAAGATTAAAATATGTATAAAAAAATGGACAGTTAAGGTATCAAATGAATACCATCAAC > 1:1768347/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |