New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1129293 = | 184 (0.970) | 13 (0.080) | 10/144 | NT | 7.6% | intergenic (+71/‑256) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1129331 = | 149 (0.870) | intergenic (+109/‑218) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/1129241‑1129420 | tatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCa > 1:2327783‑M1/53‑91 (MQ=255) aCTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCa > 1:2529419/1‑91 (MQ=255) aCTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCa < 2:1436415/91‑1 (MQ=255) atgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAt > 1:272353‑M1/52‑91 (MQ=255) tAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtt > 2:590137/1‑91 (MQ=255) aaTCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttt < 2:1899811/91‑1 (MQ=255) ttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttt > 2:1347935‑M1/49‑91 (MQ=255) ttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttt > 2:1347934‑M1/49‑91 (MQ=255) tCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttt < 1:3528541/91‑1 (MQ=255) tGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttttt > 1:1094028/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta < 2:113003/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta > 1:377686/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta < 2:2345115/91‑1 (MQ=255) tAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTtata > 1:470583/1‑91 (MQ=255) aaGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATAc < 1:3321818/91‑1 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGGTGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa < 1:3364623/91‑1 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa < 1:2846658/91‑1 (MQ=255) ggCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACat < 2:2237704/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACata < 2:520800/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttttt < 1:1259329/81‑1 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttttt > 2:1259329/1‑81 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtt < 1:667278/91‑1 (MQ=255) tttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt > 2:3182328‑M1/36‑91 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 2:855467/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 1:78656/91‑1 (MQ=255) tttGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtttt > 1:735975/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTa > 1:1815614/1‑91 (MQ=255) gTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAAt < 1:240535/91‑1 (MQ=255) ttttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATc < 2:172989/91‑1 (MQ=255) ttttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATc > 1:3840360/1‑91 (MQ=255) ttattaagattaaaatatgtataaaaaaatggacagttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccATTTTTTTATACATATTTTAATc > 2:2909465‑M2/69‑91 (MQ=255) tttATGAGGTTTTTTGATGAAGTATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt < 2:3134754/91‑1 (MQ=255) tttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt > 2:609999/1‑91 (MQ=255) tttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt > 1:3501993/1‑91 (MQ=255) tttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt < 2:1971790/91‑1 (MQ=255) tttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt > 2:3784167/1‑91 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt > 1:1732217/1‑91 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt < 2:1409871/91‑1 (MQ=255) ttaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTta > 1:2709954‑M1/28‑91 (MQ=255) aTCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTtaa < 1:1597547/91‑1 (MQ=255) tCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTtaat > 2:3634793/1‑91 (MQ=255) ggTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTTTTTTTATTTTAATCTTaataat > 2:422953/1‑91 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACATTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg < 2:461436/91‑1 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg > 1:3463196/1‑91 (MQ=255) gTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATg > 2:3586242/1‑91 (MQ=255) tttttGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGaa < 2:1144575/91‑1 (MQ=255) tgaAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAAc < 2:755882/91‑1 (MQ=255) gtataaaaaaatggacagttaaggtatcaaatgaataccatcaactgtccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAAc > 1:1580800‑M2/51‑91 (MQ=255) aagaaTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCt < 1:3570551/91‑1 (MQ=255) gaaTAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACGGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGa < 2:3408042/91‑1 (MQ=255) tAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGaaaa < 2:3317121/91‑1 (MQ=255) tAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGaaaa < 2:3317454/91‑1 (MQ=255) aGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAAc > 1:3651538/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt < 1:2425111/91‑1 (MQ=255) cGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATa < 2:3131237/91‑1 (MQ=255) GGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaa < 1:3732797‑M1/91‑1 (MQ=255) GGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaa < 1:1504584‑M1/91‑1 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATGCCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa > 2:98205‑M1/1‑91 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa > 1:3727573‑M1/1‑91 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa > 2:2862760‑M1/1‑91 (MQ=255) GACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaaa > 1:3728807‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAg < 2:3283878‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aTGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGtt > 1:3207941/1‑91 (MQ=255) aTGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGtt > 2:303121/1‑91 (MQ=255) aTGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGtt > 2:2368929/1‑91 (MQ=255) gTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATg > 1:1620209/1‑91 (MQ=255) ttCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGata > 2:2222282/1‑91 (MQ=255) ttCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGata < 2:1163385/91‑1 (MQ=255) ttGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATagag < 1:1126232/91‑1 (MQ=255) tGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAgt > 2:3725486/1‑91 (MQ=255) 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actgtccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGaaaa > 2:306464‑M2/8‑91 (MQ=255) actgtccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTAATGATATAGAGTGTAGGGaaaa > 2:3122828‑M2/8‑91 (MQ=255) gtccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCt > 1:207366‑M2/5‑91 (MQ=255) ccATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCttt > 2:179465‑M2/3‑91 (MQ=255) cATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTa > 1:1465061‑M2/2‑91 (MQ=255) cATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTa > 1:2778960‑M2/2‑91 (MQ=255) | ACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/1129241‑1129420 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |