| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1129293 = | 184 (0.970) | 13 (0.080) | 10/144 | NT | 7.6% | intergenic (+71/‑256) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1129331 = | 149 (0.870) | intergenic (+109/‑218) | USA300HOU_RS05575/USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AAGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAA > USA300TCH1516_ALE/1129203‑1129383 | taaagattttccctacactctatatcataacctatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatg > 1:2778960‑M1/91‑91 (MQ=255)aaGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCg > 1:113003/1‑91 (MQ=255)aaGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCg < 1:2547793/91‑1 (MQ=255)aaGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCg < 1:1842718/91‑1 (MQ=255) aGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCgg > 1:932288/1‑91 (MQ=255) aGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCgg < 2:29519/91‑1 (MQ=255) cAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGAc < 1:1170101/91‑1 (MQ=255) agattttccctacactctatatcataacctatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGAc > 1:207366‑M1/88‑91 (MQ=255) aaCATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACa < 2:2311941/91‑1 (MQ=255) attttccctacactctatatcataacctatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAg > 2:3755300‑M1/86‑91 (MQ=255) attttccctacactctatatcataacctagctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAg > 1:3112912‑M1/86‑91 (MQ=255) aCATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAg > 1:2485505/1‑91 (MQ=255) ttttccctacactctatatcataacctatctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGt > 1:1607796‑M1/85‑91 (MQ=255) ttGGTCATTAATATGATTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCCGGTTTTTTGATGAACAATAGTCGGACAGTTGa > 1:3317121/1‑91 (MQ=255) tGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGAt < 2:3591189/91‑1 (MQ=255) tGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGAt < 1:1398094/91‑1 (MQ=255) ggTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATg > 1:3326828/1‑91 (MQ=255) gTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATgg > 2:3308945/1‑91 (MQ=255) gTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATgg > 2:506154/1‑91 (MQ=255) tAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTc < 2:2185108/91‑1 (MQ=255) tAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTc < 2:2183678/91‑1 (MQ=255) atatGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGTATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCAt < 2:3217980/91‑1 (MQ=255) tGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTg < 1:1584827/91‑1 (MQ=255) tGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTg < 1:3503387/91‑1 (MQ=255) cTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGAt < 1:2646724/91‑1 (MQ=255) cTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGAt > 2:738338/1‑91 (MQ=255) cTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGAt > 1:3073166/1‑91 (MQ=255) cTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGAt < 1:1886103/91‑1 (MQ=255) tataCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATAc > 1:1724848/1‑91 (MQ=255) taCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCt < 1:1202777/91‑1 (MQ=255) taCAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCt > 2:2569605/1‑91 (MQ=255) cAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTa > 1:2905688/1‑91 (MQ=255) aaTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAAc < 2:3868282/91‑1 (MQ=255) atctttatgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACt > 2:1224915‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACt < 2:1803376/91‑1 (MQ=255) tGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTg < 1:208583/91‑1 (MQ=255) gATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGt < 2:2780183/91‑1 (MQ=255) gATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGt > 1:2888643/1‑91 (MQ=255) aTACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTc > 2:128917/1‑91 (MQ=255) aTACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGATTATTATATGAAGAATAAACAGATTATTGATGAAATTTTTTTTATATCTTAACTGta > 2:2591446/1‑90 (MQ=255) tACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTcc < 2:3274736/91‑1 (MQ=255) tACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTcc < 2:3432065/91‑1 (MQ=255) tACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTcc < 1:3875155/91‑1 (MQ=255) aCTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCa < 2:1436415/91‑1 (MQ=255) cTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAt < 2:3317435/91‑1 (MQ=255) atgttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAt > 1:272353‑M1/52‑91 (MQ=255) tAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtt > 2:590137/1‑91 (MQ=255) aaTCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttt < 2:1899811/91‑1 (MQ=255) aaTCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttt > 2:83630/1‑91 (MQ=255) ttttcaggttgaatttcattattaagattaaaatatgtataaaaaaatGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttt > 2:1347935‑M1/49‑91 (MQ=255) aTCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttt > 1:3302162/1‑91 (MQ=255) tCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttt > 2:305548/1‑91 (MQ=255) tCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttt < 1:3528541/91‑1 (MQ=255) tCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttt > 2:1768347/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAttttttt > 1:1094028/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta < 2:2345115/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta < 2:113403/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta < 2:113003/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTta > 1:377686/1‑91 (MQ=255) aaGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATAc > 1:1031762/1‑91 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGGTGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa < 1:3364623/91‑1 (MQ=255) aGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACa < 1:2846658/91‑1 (MQ=255) ggCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACat > 2:1652134/1‑91 (MQ=255) ggCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACat < 2:2237546/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttttt > 2:1259329/1‑81 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCAtttttt < 1:1259329/81‑1 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtt < 1:667278/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtt < 2:2358356/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 1:78656/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAttt < 2:496849/91‑1 (MQ=255) tttGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATAtttt > 1:735940/1‑91 (MQ=255) gTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAAt < 1:240344/91‑1 (MQ=255) ttttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATc > 1:3840360/1‑91 (MQ=255) tttATGAGGTTTTTTGATGAAGTATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt < 2:3134754/91‑1 (MQ=255) tttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCt > 2:609999/1‑91 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt > 1:1732217/1‑91 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt > 2:598557/1‑91 (MQ=255) ttATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCtt < 2:1409871/91‑1 (MQ=255) 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aGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAAc > 2:1592023/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATGTTTTAATCTTAATCATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 2:196931/1‑91 (MQ=255) tCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACAt > 1:2419878/1‑91 (MQ=255) cGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATa < 2:3131237/91‑1 (MQ=255) cGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATa > 2:3083257/1‑91 (MQ=255) GGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATaa < 1:3732702‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAA > USA300TCH1516_ALE/1129203‑1129383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |