| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1131036 = | 188 (0.990) | 11 (0.070) | 10/126 | NT | 7.6% | coding (435/435 nt) | USA300HOU_RS05590 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1131101 = | 120 (0.800) | coding (925/927 nt) | glpQ1 | putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | |||||
CAGATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1131142‑1131036‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgactcgatg‑tttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCA > USA300TCH1516_ALE/1131101‑1131190 CAGATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTT < 1:3689385/91‑1 AGATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTC > 2:708121/1‑91 AGATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTC > 1:639866/1‑91 GATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATATAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCT < 2:3425986/91‑1 GATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCc > 2:1131899/1‑90 GATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCT < 2:1737114/91‑1 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTCATGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTG > 2:3358275/1‑91 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTt > 2:3663591/1‑90 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTG > 1:1150459/1‑91 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTG > 1:1149967/1‑91 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTG > 2:1350803/1‑91 ATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTG > 2:1349815/1‑91 TTTAGCACTACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGA < 2:3375604/91‑1 TTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGAC < 1:3240609/91‑1 TTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGAC < 1:3772168/91‑1 TAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACT > 1:385823/1‑91 TAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACT < 1:3427305/91‑1 TAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACT > 1:1481332/1‑91 TAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACT < 2:742622/91‑1 TAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACT > 2:3020142/1‑91 AGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTC < 2:1848364/91‑1 GCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCG < 2:75412/91‑1 GCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCG > 2:2998852/1‑91 GCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCG > 2:3629597/1‑91 GCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCG < 1:2041096/91‑1 GCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCG < 1:1475349/91‑1 CACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGA < 1:3481661/91‑1 CACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGA > 1:1973883/1‑91 ACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCaat < 2:2784006/91‑4 CAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG > 1:2429655/1‑91 CAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG > 1:79016/1‑91 AACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑T > 1:3715058/1‑91 AACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑T > 1:3830286/1‑91 ACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TT < 1:2490790/91‑1 CAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTT > 2:2270833/1‑91 CAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTT < 2:3623012/91‑1 CAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTT > 2:3714834/1‑91 CAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTT < 1:637207/91‑1 AATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTT > 1:3547857/1‑91 ATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT < 1:1116205/91‑1 ATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT < 1:105304/91‑1 ATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT < 1:585167/91‑1 ATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT < 2:445644/91‑1 ATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT < 2:863234/91‑1 CAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATT > 1:20259/1‑91 AAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATGTTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAT > 2:1352212/1‑91 AAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTG > 2:1206013/1‑91 ATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGT > 1:1586904/1‑91 TCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTG > 1:3377736/1‑91 TCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTG > 1:144880/1‑91 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TCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTT > 2:1872170/1‑91 TCTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTT > 1:516308/1‑91 CTGACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTT > 1:383022/1‑91 gacgCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGG < 1:3494257/87‑1 GACGCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGG < 1:3494346/91‑1 ACTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGT < 2:417157/91‑1 CTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTA < 2:261290/91‑1 CTCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTA < 2:838415/91‑1 TCGATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTAT > 2:2703027/1‑91 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ATG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAA < 1:810458/91‑1 TG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAT < 2:3752162/91‑1 TG‑TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCCAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAT > 1:3360298/1‑91 TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCA > 1:2603747/1‑91 TTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCA < 1:1071775/91‑1 TTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCAT < 2:2706234/91‑1 TTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCAT > 2:2529177/1‑91 TTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCAT < 2:2002253/91‑1 TTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCAT > 1:460389/1‑91 TTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATT < 2:105304/91‑1 TTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATT > 2:102039/1‑91 TTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATT > 1:1095814/1‑91 TTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTC > 2:893275/1‑91 TATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGCTCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCA < 2:2414467/91‑1 TATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCA < 2:1343283/91‑1 TATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTCTTGGTATAAATCATTCA > 1:3326589/1‑91 CAGATTTAGCACAACAATTCAAACAAACAATCCCGAATAAATAAAAACATCGAGTCAGATGCTAGTTAGTGGTTTCAATAACCACCTTTTTCTGACTCGATG‑TTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1131142‑1131036‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgactcgatg‑tttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCA > USA300TCH1516_ALE/1131101‑1131190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |