| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1131036 = | 188 (0.990) | 11 (0.070) | 10/126 | NT | 7.6% | coding (435/435 nt) | USA300HOU_RS05590 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1131101 = | 120 (0.800) | coding (925/927 nt) | glpQ1 | putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCAT > USA300TCH1516_ALE/1131011‑1131191 | gCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTttta < 1:2878746/91‑1 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttat < 2:472275/91‑1 (MQ=255) ggATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttatt < 1:3018749/91‑1 (MQ=255) ggATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttatt > 1:3756858/1‑91 (MQ=255) ccTGTAATTGTTCATTATAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTtatttatt < 2:2494413/91‑1 (MQ=255) tGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCg < 2:450674/91‑1 (MQ=255) tGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCg < 1:429714/91‑1 (MQ=255) gTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCgg > 1:1231663/1‑91 (MQ=255) tAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCggg < 1:1966084/91‑1 (MQ=255) tAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCggg < 2:1231663/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGa < 1:2040682/91‑1 (MQ=255) aTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAATCCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAt < 2:2994680/91‑1 (MQ=255) aTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAt < 2:1722608/91‑1 (MQ=255) ttGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAtt < 2:1532052/91‑1 (MQ=255) gTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgt > 1:736022/1‑91 (MQ=255) ttCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtt > 2:385823/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttg < 2:1808746/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt > 2:848410/1‑91 (MQ=255) taAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGa > 2:2090216/1‑91 (MQ=255) taAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGa < 2:2754871/91‑1 (MQ=255) taAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGa < 1:1703436/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttg > 2:429717/1‑81 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGaa < 1:1178552/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGaa < 1:942828/91‑1 (MQ=255) AAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAt < 1:585167‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttg < 1:637207‑M1/91‑1 (MQ=255) AACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgt < 1:2490790‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgtt > 1:3830286‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgtt > 1:3715058‑M1/1‑91 (MQ=255) CATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgttg > 1:2429655‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgagtcagatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTtgtg > 1:144880‑M2/59‑91 (MQ=255) tcgagtcagatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTtgtg > 1:3377736‑M2/59‑91 (MQ=255) TCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTtgtg < 1:3481661‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 1:2041096‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 2:75412‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc > 2:3629597‑M1/1‑91 (MQ=255) agtcagatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTa > 2:1954292‑M2/56‑91 (MQ=255) AGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTa > 2:3020142‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTa > 1:1481332‑M1/1‑91 (MQ=255) GTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTaa < 1:3240609‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCATGAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAAt > 2:3358275‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAAt > 1:1150459‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAAt > 2:1350803‑M1/1‑91 (MQ=255) gGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATc > 2:1131899‑M1/2‑91 (MQ=255) agatgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATc > 2:1702293‑M2/52‑91 (MQ=255) AGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATc < 2:1737114‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCt > 2:708121‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGt < 1:3678355/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGt > 1:3274331/1‑91 (MQ=255) aaGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTc < 1:1113510/91‑1 (MQ=255) aaGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTc < 1:1559108/91‑1 (MQ=255) ggtggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGa > 1:2604240/1‑91 (MQ=255) gtggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGAt < 1:1337299/91‑1 (MQ=255) tggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATc > 1:262966/1‑91 (MQ=255) ggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCt > 1:388587/1‑91 (MQ=255) ggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCt > 2:2838563/1‑91 (MQ=255) ggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCt > 2:2702223/1‑91 (MQ=255) gtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTg > 1:332425/1‑91 (MQ=255) ttATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt < 2:653426/91‑1 (MQ=255) ttATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt > 2:1344428/1‑91 (MQ=255) ttATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt < 2:2773110/91‑1 (MQ=255) tATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTc > 1:1085131/1‑91 (MQ=255) 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tctgactcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCtttt > 2:1872170‑M2/18‑91 (MQ=255) gacgcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTgg < 1:3494346‑M2/77‑1 (MQ=255) actcgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGt < 2:417157‑M2/78‑1 (MQ=255) cgatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGtata > 1:1820195‑M2/11‑91 (MQ=255) gatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATaa < 2:3261540‑M2/82‑1 (MQ=255) gatgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATaa < 1:970355‑M2/82‑1 (MQ=255) tgtttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAt < 2:3752162‑M2/84‑1 (MQ=255) ttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcat < 2:2002253‑M2/87‑1 (MQ=255) ttttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcat > 1:460389‑M2/5‑91 (MQ=255) tttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcatt > 2:102039‑M2/4‑91 (MQ=255) ttATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcattc > 2:893275‑M2/3‑91 (MQ=255) tATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGCTCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcattca < 2:2414467‑M2/90‑1 (MQ=255) atttattCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAAtcattcat > 1:3680877/1‑91 (MQ=255) | GCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATCATTCAT > USA300TCH1516_ALE/1131011‑1131191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |