| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1182136 = | 210 (1.100) | 12 (0.070) | 8/140 | NT | 6.6% | intergenic (‑154/‑209) | USA300TCH1516_01103/USA300HOU_RS05895 | tRNA‑Arg/Antibacterial protein 3 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1182166 = | 156 (0.940) | intergenic (‑184/‑179) | USA300TCH1516_01103/USA300HOU_RS05895 | tRNA‑Arg/Antibacterial protein 3 | |||||
TTTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTCAAAACTGTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1182235‑1182136‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactgtatttCTTTTCTCTTTAAAATACAGTTAAGTACATTATAAGATGTTGTGCGGATAAACAAACTAATTGTATCAAATTTATTTTAAAATAACAAC > USA300TCH1516_ALE/1182166‑1182254 TTTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTCAAA < 1:3009135/91‑1TTTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTCAAA > 2:2741952/1‑91TTTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTCAAA > 2:1307339/1‑91TTTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTCAAA > 1:2324417/1‑91 TTGATACAATTAGTTTGTTTATCCGCACAACATCTTATAATGTACTTAACTGTATTTTAAAGAGAAAAGAAATACAGTTAGGCATTGAAAA > 2:2298266/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |