| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1182690 = | 233 (1.220) | 18 (0.110) | 10/136 | NT | 8.7% | intergenic (+20/‑113) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1182741 = | 179 (1.110) | intergenic (+71/‑62) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCTATATTGTCTATGTATCTAAATCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCCAGTTTATTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1182791‑1182690‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagtttattttaTTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAGGAGATGGGGAAATTGGGATATAAAAATATTTTGATAGACT > USA300TCH1516_ALE/1182741‑1182830 CCTATATTGTCTATGTATCTAAATCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCC < 1:3872964/91‑1CCTATATTGTCTATGTATCTAAATCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCC < 2:3885304/91‑1CCTATATTGTCTATGTATCTAAACCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCC < 2:3485949/91‑1 CTATATTGTCTATGTATCTAAATCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCCA < 1:2642891/91‑1 CTATATTGTCTATGTATCTAAATCTTAACAGAGGCTCAAATTTCTGCAAATAAAATAAACTGAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCCA > 2:1438516/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |