| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1182690 = | 233 (1.220) | 18 (0.110) | 10/136 | NT | 8.7% | intergenic (+20/‑113) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1182741 = | 179 (1.110) | intergenic (+71/‑62) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACAT > USA300TCH1516_ALE/1182600‑1182779 | agtctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaat < 2:91354‑M1/1‑1 (MQ=255)agtctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaat < 2:1694959‑M1/1‑1 (MQ=255) tctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataa < 2:2771185‑M1/3‑1 (MQ=255) tAGTCACAAGTATCTTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTaaa < 1:3500260/91‑1 (MQ=255) tAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTaaa < 2:3698749/91‑1 (MQ=255) ctatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaa > 1:601320‑M1/88‑91 (MQ=255) tatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaa > 2:3253773‑M1/87‑91 (MQ=255) tatcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaa < 2:2706539‑M1/5‑1 (MQ=255) ggCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAAt > 1:1921318/1‑91 (MQ=255) ggCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAAt < 1:2079943/91‑1 (MQ=255) atcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaat < 2:1538545‑M1/6‑1 (MQ=255) atcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaat < 2:1619262‑M1/6‑1 (MQ=255) tcaaaatatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaataaaata > 2:2557245‑M1/85‑91 (MQ=255) gCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATa > 2:832466/1‑91 (MQ=255) 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tCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTACTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTg > 1:1794722/1‑91 (MQ=255) gTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAg > 2:1216436/1‑91 (MQ=255) gTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAg > 2:2691302/1‑91 (MQ=255) tAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGc < 1:2870655/91‑1 (MQ=255) tAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTCGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGc < 1:3089128/91‑1 (MQ=255) aCATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATa > 2:2458935/1‑91 (MQ=255) aCATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATa > 2:2403663/1‑91 (MQ=255) cATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATAc < 2:1327721/91‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATAc > 1:3194745/1‑91 (MQ=255) cGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACttt < 2:2028300/91‑1 (MQ=255) gCTAACGGTGTGGGTATACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTATTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATg > 1:3312500/1‑91 (MQ=255) aaCGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTa < 1:2281511/91‑1 (MQ=255) aCGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTAt < 2:3074645/91‑1 (MQ=255) tctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGAGTG‑‑CATACTTTAATGTTATGCACt > 1:3567298‑M1/55‑91 (MQ=255) gtgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACt < 2:3505950/91‑1 (MQ=255) gtgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACt < 2:2154652/91‑1 (MQ=255) gtgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACt > 1:3127397/1‑91 (MQ=255) tgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 1:1139933/1‑91 (MQ=255) tgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 1:1726602/1‑91 (MQ=255) tgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 2:1111602/1‑91 (MQ=255) gggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCa > 1:2587996/1‑91 (MQ=255) ggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAg > 2:3485213/1‑91 (MQ=255) ggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAg > 1:1511350/1‑91 (MQ=255) gTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGt > 1:332950/1‑91 (MQ=255) tttACTATGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGTGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtt < 2:174509/91‑1 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtt > 1:251418/1‑91 (MQ=255) ttgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGttta > 1:2942184‑M1/46‑91 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttat < 1:880132/91‑1 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttat > 1:417107/1‑91 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttat < 1:2008692/91‑1 (MQ=255) gtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatt > 2:3311822‑M1/44‑91 (MQ=255) gtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatt > 1:3657737‑M1/44‑91 (MQ=255) aGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatttt > 1:2433013/1‑91 (MQ=255) aGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatttt > 2:1132498/1‑91 (MQ=255) ggTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatttta > 1:2240955/1‑91 (MQ=255) ggTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttatttta > 2:1065400/1‑91 (MQ=255) gTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttattttat > 2:2357633/1‑91 (MQ=255) tatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTg > 2:1442606‑M1/37‑91 (MQ=255) tatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTg > 2:2069057‑M1/37‑91 (MQ=255) aaTTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTg < 1:982625/91‑1 (MQ=255) attattTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGc > 2:3444571/1‑91 (MQ=255) ttattTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCa > 1:812718/1‑91 (MQ=255) tctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCa > 2:766849‑M1/35‑91 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTTAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 2:2664413/1‑91 (MQ=255) ttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaaa > 1:273008/1‑91 (MQ=255) aTTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTg < 2:2200156/91‑1 (MQ=255) aTTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTg > 1:1623870/1‑91 (MQ=255) ttCTAATATAATAATTAATATTCGTTAAAATAAACTGGGTGAGTATACTTGAATCTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGTAATTTGa < 2:3604767/91‑1 (MQ=255) 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ataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTg > 2:730212/1‑91 (MQ=255) ataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTg > 1:1440631/1‑91 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTAAAATTAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt < 2:3033335/91‑1 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt < 1:672253/91‑1 (MQ=255) aataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGtt > 2:2762260/1‑91 (MQ=255) aataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGtt < 1:664794/91‑1 (MQ=255) ataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTa < 2:1289635/91‑1 (MQ=255) aaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAg > 2:3163938/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |