| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1255979 | 129 (0.680) | 26 (0.160) | 14/134 | NT | 19.9% | intergenic (+195/+49) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1255992 | 102 (0.640) | intergenic (+208/+36) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein | |||||
TTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1255877‑1255979‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatctactaagt‑CCTTTTCAATGGCACTTAGTAGATTTTTGTTTATATAACCATTTTGAGCAAACACGTTATGAATAGAGAAGGAATAAACAATTACATTAT < USA300TCH1516_ALE/1255992‑1255903 TTTTCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACTTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAA > 2:1796495/1‑91 TTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAA < 1:1778686/91‑1 TGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAA < 1:2754061/91‑1 TGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAA > 1:2170229/1‑91 GCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAAT < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |