| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1292484 = | 124 (0.650) | 16 (0.110) | 11/128 | NT | 13.4% | intergenic (+38/‑348) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1292539 = | 108 (0.710) | intergenic (+93/‑293) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TAACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1292589‑1292484‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGG > USA300TCH1516_ALE/1292539‑1292628 TAACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATAT < 1:1529096/91‑1TAACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATAT < 2:162188/91‑1TAAATTTTAATAGGTAATCTATTCTTATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTATACACTTAAATAGTGTAATAT < 2:3168215/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:860087/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT > 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AATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGG > 2:3305261/1‑91 AATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGG > 2:3695249/1‑91 AATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGG > 1:3865109/1‑91 ATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGA < 2:2745257/91‑1 TAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCCCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAG > 2:1152585/1‑91 AGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGC > 1:2295677/1‑91 AGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGC > 2:3666894/1‑91 AGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGC > 1:2295649/1‑91 GTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTGAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCAT < 2:3215321/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/1292539‑1292628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |