New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292499 | 124 (0.650) | 13 (0.090) | 6/128 | NT | 11.2% | intergenic (+53/‑333) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1292522 | 108 (0.710) | intergenic (+76/‑310) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
TTAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1292394‑1292499 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatgctccctataaaGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < USA300TCH1516_ALE/1292522‑1292433 TTAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGA < 2:343163/91‑1 TAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGAT < 2:421078/91‑1 AAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATA < 2:3644369/91‑1 AAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATA > 2:849265/1‑91 AAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATAT < 2:903984/91‑1 AGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATG > 2:1165836/1‑91 AGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATG > 1:2438946/1‑91 AGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATG > 1:2438752/1‑91 AGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATG > 1:2438375/1‑91 AAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCT < 1:1728893/91‑1 AAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCT < 1:1729201/91‑1 AAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTGAAGATTGATATGCg < 2:422974/91‑2 AGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTC < 2:2724170/91‑1 GGCGATGTTATTGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 2:18862/1‑91 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:2804237/1‑91 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:579561/1‑91 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC < 1:1313070/91‑1 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC < 2:1981716/91‑1 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC < 2:1981773/91‑1 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:3832099/1‑91 GGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:1346187/1‑91 GGCGATGTTATCGAAACATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACCAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:3305261/1‑91 GCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC > 2:2004620/1‑91 GCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC > 1:664795/1‑91 GCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC > 1:664442/1‑91 CGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCT < 2:3666034/91‑1 CGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCT > 2:1316896/1‑91 CGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCT > 1:2061171/1‑91 CGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCT < 1:165251/91‑1 GATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTA > 2:203996/1‑91 GATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTA < 1:1722401/91‑1 GATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATGAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTA < 1:3875132/91‑1 ATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTAT > 1:187173/1‑91 TGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATA > 1:3399023/1‑91 TGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATA > 1:3400863/1‑91 TGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATA > 1:3399396/1‑91 TGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATA > 1:3398996/1‑91 GTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAA > 2:2503216/1‑91 GTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAA > 2:2735656/1‑91 GTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAA > 2:2805300/1‑91 GTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATCGATATGCTCCCTATAA > 2:2980367/1‑91 TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA > 1:1957325/1‑91 TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA > 2:3865109/1‑91 ATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAtata > 1:3499062/1‑87 AAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAA < 2:720975/91‑1 AAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAA < 2:1635356/91‑1 AAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAA < 2:721498/91‑1 AATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:3782285/91‑1 AATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:112590/91‑1 AATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:2057926/91‑1 ATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTT < 1:258917/91‑1 ATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTT < 2:2817112/91‑1 AAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATA < 1:1897433/91‑1 AAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATA < 1:1897445/91‑1 TTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAG < 1:3252719/91‑1 TAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGC < 1:1436570/91‑1 TAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATACTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGC < 2:3484139/91‑1 ATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTA < 2:2329617/91‑1 TATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAA < 1:3840521/91‑1 TATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAA > 1:2857093/1‑91 TATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAA < 2:1416508/91‑1 ATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAAT > 2:3590668/1‑91 GCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTA < 2:179888/91‑1 GCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTA < 1:1301615/91‑1 CTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAA < 2:2840151/91‑1 TCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAAC < 2:954632/91‑1 TCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAAC < 2:1309943/91‑1 TCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAAC > 1:2805300/1‑91 CCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACG < 1:1759650/91‑1 CCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACG < 1:1759663/91‑1 CCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACG > 2:3240627/1‑91 CTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCT > 1:3146706/1‑91 CTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCT > 1:3828417/1‑91 TATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTT < 1:188159/91‑1 TATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTT < 1:234880/91‑1 ATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTA > 1:3579379/1‑91 ATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTA < 1:2163873/91‑1 AAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAAT > 1:664168/1‑91 AAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATT > 1:444891/1‑91 AAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATT > 1:3165289/1‑91 AAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATT > 2:2840523/1‑91 AAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATT < 2:1592865/91‑1 AAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATT > 2:2643677/1‑91 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAGCGCTTAATTT > 1:2636217/1‑91 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < 2:2605900/91‑1 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < 1:352811/91‑1 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT > 1:2636270/1‑91 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < 2:2397569/91‑1 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < 1:2073120/91‑1 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < 2:2397697/91‑1 AGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT > 2:2611041/1‑91 TTAAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1292394‑1292499 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatgctccctataaaGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATCAATCTTAACTATACTTTTAGCTTGTAATTTATTTAATTAACGCTTAATTT < USA300TCH1516_ALE/1292522‑1292433 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |