| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292499 | 124 (0.650) | 13 (0.090) | 6/128 | NT | 11.2% | intergenic (+53/‑333) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292522 | 108 (0.710) | intergenic (+76/‑310) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1292409‑1292589 | tCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAatat > 2:60028/1‑91 (MQ=255) cGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATAtt < 1:3735078/91‑1 (MQ=255) gCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCAc < 2:3858524/91‑1 (MQ=255) gCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCAc < 1:945107/91‑1 (MQ=255) gCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCAc > 2:1105190/1‑91 (MQ=255) gCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCAc < 2:2289758/91‑1 (MQ=255) tGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttttt > 1:1661333/1‑91 (MQ=255) tGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttttt < 2:1926810/91‑1 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa < 1:474978/91‑1 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa < 2:1735751/91‑1 (MQ=255) aaaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaa < 2:720975‑M1/91‑16 (MQ=255) aaaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaa < 2:1635356‑M1/91‑16 (MQ=255) aTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgt < 2:2228222/91‑1 (MQ=255) ggTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtgt < 2:2180054/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCt > 1:1028691/1‑91 (MQ=255) tGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTa < 1:650481/91‑1 (MQ=255) gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTAc > 1:484035/1‑91 (MQ=255) gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTAAAGTGTCTAc > 1:775299/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 2:2611041‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:2636270‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt < 2:2397697‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt < 1:2073120‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatt < 2:112590‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 2:2643677‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatattt < 1:258917‑M1/91‑27 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACttt > 1:664168‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttat < 1:2163873‑M2/91‑6 (MQ=255) tttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTtata > 1:3040406‑M1/47‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttata < 1:1897433‑M1/91‑30 (MQ=255) aaGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttata < 1:234880‑M2/91‑7 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggg < 1:1759663‑M2/91‑10 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggg > 2:3240627‑M2/1‑82 (MQ=255) aataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 1:3287935‑M1/44‑91 (MQ=255) aataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 1:2162822‑M1/44‑91 (MQ=255) gTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggga > 1:2805300‑M2/1‑81 (MQ=255) attaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcat > 2:3590668‑M2/1‑77 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata < 2:1416508‑M2/91‑16 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata < 1:3840521‑M2/91‑16 (MQ=255) taatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCata > 1:2315170‑M1/38‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTACGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:3623006/1‑91 (MQ=255) ataaatTACAGGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg > 2:1860434/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 1:1083270/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa < 2:2061171/91‑1 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc < 2:2373274/91‑1 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt > 2:521930/1‑91 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt > 2:3722181/1‑91 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt > 2:3796024/1‑91 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt < 2:205377/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt < 1:1270674/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt < 1:859058/91‑1 (MQ=255) aaaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt < 1:2004620/91‑1 (MQ=255) aaGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtt < 1:1127581/91‑1 (MQ=255) gTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttt > 2:1577005/1‑91 (MQ=255) gTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttt > 2:2777753/1‑91 (MQ=255) tataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttttt > 2:1609845/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt > 1:2357656/1‑83 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt < 2:428144/83‑1 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 1:1493017/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 1:1374261/1‑91 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTGTAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta < 1:2283074/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa < 2:807156/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa > 2:1308633/1‑91 (MQ=255) 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ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc < 2:1147325‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTCAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc < 2:3215321‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAg < 2:950250‑M1/80‑1 (MQ=255) gCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaatta < 2:179888‑M1/91‑80 (MQ=255) gCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagtatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaatta < 2:3484139‑M2/91‑57 (MQ=255) GCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCt > 2:3666894‑M1/1‑91 (MQ=255) cTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaa < 2:2840151‑M1/91‑81 (MQ=255) cTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaa < 1:3252719‑M2/91‑58 (MQ=255) cccTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacg < 1:1759650‑M1/91‑83 (MQ=255) CCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 1:3865109‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 2:3695249‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTAtt > 2:3305261‑M1/1‑91 (MQ=255) cTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgct > 1:3828417‑M1/1‑7 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa < 2:2014564‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa > 2:2829419‑M1/1‑91 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa > 2:253392‑M1/1‑91 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa < 1:1294390‑M1/91‑1 (MQ=255) tataAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgctt < 1:188159‑M1/91‑86 (MQ=255) tataAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgctt < 1:1897445‑M2/91‑63 (MQ=255) ataAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgctta > 1:3579379‑M1/1‑5 (MQ=255) ATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaaa < 2:302781‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaaa < 2:1319708‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAg > 1:1309943‑M1/1‑91 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt > 2:2840523‑M1/1‑2 (MQ=255) aagtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt > 1:3165289‑M1/1‑2 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 1:43573‑M1/91‑1 (MQ=255) agtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattagcgcttaattt > 1:2636217‑M1/1‑1 (MQ=255) agtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaattt < 2:2605900‑M1/91‑91 (MQ=255) agtagacacttaaaaagtgcaatatttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaattt < 2:2397569‑M1/91‑91 (MQ=255) ATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTa < 1:1529096‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1292409‑1292589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |