| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292499 | 124 (0.650) | 13 (0.090) | 6/128 | NT | 11.2% | intergenic (+53/‑333) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1292522 | 108 (0.710) | intergenic (+76/‑310) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1292432‑1292612 | gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTAc < 2:3561322/91‑1 (MQ=255)gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTAc < 1:618712/91‑1 (MQ=255)gAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTAc > 1:484035/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:2636270‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt < 2:2605900‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt < 2:2397569‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 2:2643677‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:3165289‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 2:2840523‑M2/1‑89 (MQ=255) actgttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACttt > 1:1110356‑M1/50‑91 (MQ=255) tAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttat > 1:3579379‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttata < 1:234880‑M2/91‑7 (MQ=255) aGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatag > 1:3828417‑M2/1‑84 (MQ=255) cGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggg < 1:1759663‑M2/91‑10 (MQ=255) aataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 1:539447‑M1/44‑91 (MQ=255) aataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAggg > 1:2162822‑M1/44‑91 (MQ=255) gTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggga < 2:1309943‑M2/91‑11 (MQ=255) taattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagc < 1:1301615‑M2/91‑13 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata > 1:2857093‑M2/1‑76 (MQ=255) ttaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcata < 2:1416508‑M2/91‑16 (MQ=255) taaataaaTTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatat < 2:2329617‑M2/91‑17 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTACGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:3623232/1‑91 (MQ=255) ctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTT‑ATAGGGAGCATATTTGa > 2:1652863‑M1/34‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa < 1:1496715/91‑1 (MQ=255) ttctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 1:2136026‑M1/31‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 2:22147/1‑91 (MQ=255) tctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATAc > 1:1845730‑M1/30‑91 (MQ=255) atTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATAc < 1:193500/91‑1 (MQ=255) atTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATAc > 1:1232288/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt > 1:2356048/1‑91 (MQ=255) aCAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGTTATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAg > 2:3216681/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc > 2:3682914/1‑91 (MQ=255) cAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGc < 2:2373274/91‑1 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt < 2:1838793/91‑1 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt > 2:3796964/1‑91 (MQ=255) aaGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCCATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt < 1:132471/91‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt < 2:205377/91‑1 (MQ=255) aGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtt > 1:665214/1‑91 (MQ=255) gCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCttt < 1:2255305/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCtttt < 1:108194/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttt > 2:325181/1‑91 (MQ=255) gTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttt > 2:2777753/1‑91 (MQ=255) gTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttt > 2:1577005/1‑91 (MQ=255) tataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttttt > 2:3707231/1‑91 (MQ=255) tataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttttt > 2:1609845/1‑91 (MQ=255) tataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGttttt > 2:2444115/1‑91 (MQ=255) ataGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGtttttt < 1:3271272/91‑1 (MQ=255) taGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTtta > 1:1386821/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttat > 1:924212/1‑91 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt > 1:428144/1‑83 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGt < 2:428144/83‑1 (MQ=255) gTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatt > 1:1374929/1‑91 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTGTAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta < 1:2283074/91‑1 (MQ=255) ttAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTttatta < 1:3308978/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa < 1:849265/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa < 1:2929431/91‑1 (MQ=255) aGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGaa < 2:807156/91‑1 (MQ=255) ttGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAg < 2:558464/91‑1 (MQ=255) gATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAt > 2:2834768/1‑91 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt < 2:1210883‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGAtt < 1:3464046‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTAc > 1:815157‑M1/1‑91 (MQ=255) 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CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa < 2:2014564‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa < 2:1713084‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaa > 2:2829419‑M1/1‑91 (MQ=255) tataAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgctt < 1:1897433‑M2/91‑63 (MQ=255) TATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaa < 1:3849483‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTaaaa < 2:302781‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaat < 1:258917‑M2/91‑66 (MQ=255) aaTATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatt < 2:3782285‑M2/91‑67 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt < 1:1084347‑M1/91‑1 (MQ=255) AATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGtt > 2:842022‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTa < 1:1529096‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATTACACTATTTAAGTGTATACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATAAGAATAGATTACCTATTAAAATTTa < 2:3168215‑M1/91‑1 (MQ=255) atTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCt < 1:2018212/50‑1 (MQ=255) ttGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGt > 1:3406742/1‑91 (MQ=255) gCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTta > 2:1661469/1‑91 (MQ=255) cACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTtat > 1:3145923/1‑91 (MQ=255) tttttAAGTGTCTACtttatagggagcatatcaatcttaactatacttttagcttgtaatttatttaattaacgcttaatttcaaccattt < 2:721498‑M2/91‑77 (MQ=255) tttttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATg < 2:1083270/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGa < 1:483287/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGa > 2:717726/1‑91 (MQ=255) tttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGa > 2:1861640/1‑91 (MQ=255) ttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGAc > 1:2850907/1‑91 (MQ=255) ttAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGAc < 2:2292847/91‑1 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:416733/1‑91 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg < 1:1165836/91‑1 (MQ=255) aGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATg > 1:2502464/1‑91 (MQ=255) cTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGAtttt > 2:3281260/1‑91 (MQ=255) cTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGACTACCTATTAAAAGTTACGTTATATTGACATGAtttt > 2:506713/1‑91 (MQ=255) aCTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGt > 1:3419629/1‑91 (MQ=255) cTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGAttttata < 1:1356050/91‑4 (MQ=255) | GAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1292432‑1292612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |