| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 166 (0.870) | 12 (0.080) | 8/134 | NT | 8.2% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 131 (0.820) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1353996‑1353894‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > USA300TCH1516_ALE/1353946‑1354035 CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGT < 2:2132902/91‑1 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA > 1:2191581/1‑91 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA < 1:2761742/91‑1 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA > 2:3066857/1‑91 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA < 2:311290/91‑1 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA > 2:3469591/1‑91 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA < 2:311370/91‑1 TTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTA > 2:3452873/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT < 2:3531984/91‑1 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT < 2:3621756/91‑1 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT > 1:2643468/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT < 1:3760545/91‑1 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA < 2:448117/91‑1 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA < 1:514798/91‑1 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA > 1:413627/1‑91 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCAGAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA < 1:3273955/91‑1 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 2:1460666/1‑91 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT < 1:3596329/91‑1 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 2:243731/1‑91 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 1:2591696/1‑91 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 1:2592053/1‑91 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 1:2943983/1‑91 TAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATG > 2:1269387/1‑91 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATGATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 2:3826457/1‑91 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC < 2:325029/91‑1 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 1:3173869/1‑91 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 2:3826651/1‑91 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 1:3173897/1‑91 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 2:2603200/1‑91 AAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAATGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCC < 1:3071232/91‑1 AAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCC > 2:52129/1‑91 AAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCC < 1:2087919/91‑1 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT < 2:2384682/91‑1 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 2:1746817/1‑91 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 2:1007876/1‑91 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 2:2563534/1‑91 GAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTT < 2:2511352/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:948173/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:2666921/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 2:3013576/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:3461767/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 2:1425734/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:3699137/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:1443413/91‑1 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:42151/91‑1 AAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTC > 1:1135453/1‑91 AAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTC > 2:1013798/1‑91 ATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTAT > 2:2493179/1‑91 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATT > 1:23927/1‑91 AATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTT > 1:66197/1‑91 ATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGATCTTTATTTA > 2:3299885/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATTTAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAA > 2:402390/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAA > 1:942750/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAA > 1:515306/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAA > 2:2589456/1‑91 TCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGG > 2:3339500/1‑91 TACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTT > 1:22265/1‑91 TTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGCTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGC > 1:3603239/1‑91 TTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAA < 2:3266800/91‑1 TTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAA > 2:733160/1‑91 TTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAA > 2:921497/1‑91 TTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAA > 2:2125051/1‑91 TTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAA > 2:1100096/1‑91 TGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAA < 2:265664/91‑1 TGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAA < 2:2417621/91‑1 TGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAA < 1:1135291/91‑1 TGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAA > 2:670496/1‑91 GCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAAT > 2:2972458/1‑91 GCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAAT > 2:3321531/1‑91 GCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAAT < 1:889120/91‑1 CCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATA < 2:3267184/91‑1 CCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATA > 1:1501285/1‑91 CCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATA < 2:1283597/91‑1 CCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATA < 2:1881606/91‑1 TTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGT > 1:1735363/1‑91 TTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGT > 2:3651105/1‑91 TGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > 1:1592782/1‑91 TGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > 1:1590806/1‑91 TGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > 1:1590376/1‑91 CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1353996‑1353894‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > USA300TCH1516_ALE/1353946‑1354035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |