New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 166 (0.870) | 12 (0.080) | 8/134 | NT | 8.2% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 131 (0.820) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > USA300TCH1516_ALE/1353856‑1354035 | aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg > 1:2113590/1‑91 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 2:1808147/1‑91 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 1:1265291/1‑91 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 2:2079780/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt > 1:1003011/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt > 2:2088966/1‑91 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt < 1:3727621/91‑1 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt > 2:186695/1‑91 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt > 1:3141138/1‑91 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtttt < 2:2116473/91‑1 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTa < 2:3193561/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 1:1520329/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt > 2:683579/1‑91 (MQ=255) aCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTg > 2:2191581/1‑91 (MQ=255) ccATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGa < 1:2990925/91‑1 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGACATAAATTAAAGGCATAAGATCCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGTTTATTAGGCCTTTGATTTTACTTGag < 2:3672536/91‑2 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGaa < 2:3676738/91‑1 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGaa < 2:2363522/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata > 2:2643468/1‑91 (MQ=255) tAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata > 2:2879402/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 2:449652/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 2:1969456/91‑1 (MQ=255) agttATATATAGAAATAAGTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:2587483/89‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg > 1:1553631/1‑91 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 2:480120/91‑1 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg > 1:2878082/1‑91 (MQ=255) tatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgtg > 2:123507/1‑91 (MQ=255) atataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGa > 1:243731/1‑91 (MQ=255) tataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt < 2:262216/91‑1 (MQ=255) ataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCa < 1:3232902/91‑1 (MQ=255) ataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTCATTTGATCa < 1:1954663/91‑1 (MQ=255) taatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCTAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCaa < 1:3183514/91‑1 (MQ=255) taatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCaa < 2:1586232/91‑1 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc < 2:2264503/91‑1 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc > 2:3100458/1‑91 (MQ=255) ttAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTg > 1:2345588/1‑91 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 2:3013576‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 2:1425734‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 1:3461767‑M1/91‑1 (MQ=255) aaggcataataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTc > 1:1135453‑M2/52‑91 (MQ=255) AGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCt > 2:1007876‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCt > 2:2563534‑M1/1‑91 (MQ=255) GGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtt < 1:2087919‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt < 2:325029‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt > 2:3826651‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttat > 1:2591696‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttat > 2:243731‑M1/1‑91 (MQ=255) taataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttatt > 1:23927‑M2/46‑91 (MQ=255) TAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttatt > 1:413627‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttatt < 1:514798‑M1/91‑1 (MQ=255) aataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattt > 1:66197‑M2/45‑91 (MQ=255) ataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGATCtttattta > 2:3299885‑M2/44‑91 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta < 2:3621756‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta < 1:3760545‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:2643468‑M1/1‑91 (MQ=255) taatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 1:942750‑M2/43‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 2:3469591‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 2:3452873‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 2:3066857‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa < 1:2761742‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAg < 2:2132902‑M1/91‑1 (MQ=255) tccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAgg > 2:3339500‑M2/40‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |