| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 166 (0.870) | 12 (0.080) | 8/134 | NT | 8.2% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 131 (0.820) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTT > USA300TCH1516_ALE/1353804‑1353984 | gacgtattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatca > 1:1592782‑M1/91‑91 (MQ=255) acgtattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcaa > 1:1735363‑M1/90‑91 (MQ=255) ttAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG < 1:2806323‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG < 1:1001697‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG < 1:2010536‑M1/91‑1 (MQ=255) tattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAgg < 2:1881606‑M1/5‑1 (MQ=255) tattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAgg < 2:3267184‑M1/5‑1 (MQ=255) tattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAgg < 2:1283597‑M1/5‑1 (MQ=255) ttattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCa < 1:1135291‑M1/7‑1 (MQ=255) ttattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCa < 2:2417621‑M1/7‑1 (MQ=255) aTAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA > 1:341815‑M1/1‑91 (MQ=255) aTAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA > 2:3749236‑M1/1‑91 (MQ=255) ttagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCataa > 2:733160‑M1/82‑91 (MQ=255) tAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAA > 2:3006466‑M1/1‑91 (MQ=255) aGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAAT < 1:660215‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATA > 2:2013130‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTCGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATACAGAAATAATTTGAAGGCATAATA > 2:2958851‑M1/1‑91 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA > 2:491881‑M1/1‑91 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 2:3204335‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAc < 1:582443/91‑1 (MQ=255) gATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAcc < 2:1805612/91‑1 (MQ=255) aTTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCa > 2:1480768/1‑91 (MQ=255) tatatataTTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATa < 2:1725864/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 2:1087983/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCg < 1:3386483/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCg > 1:3095759/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCg > 1:1383978/1‑91 (MQ=255) aaaGTAATATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 1:1942120/91‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 1:2148157/91‑1 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg > 2:2623338/1‑91 (MQ=255) gTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGc > 1:3657167/1‑91 (MQ=255) gTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGc < 2:1962578/91‑1 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg > 2:1019631/1‑80 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg < 1:1018279/80‑1 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCg > 1:3257269/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcact < 2:3865922‑M1/91‑23 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTaa > 1:946854/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTaa > 1:806510/1‑91 (MQ=255) tataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATg < 1:2296254/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 1:3760006/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 2:1935135/91‑1 (MQ=255) aCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggt < 1:3828237‑M1/91‑28 (MQ=255) aCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAt > 1:880111‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtt < 1:2090715‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtt > 1:2673786‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtt < 1:1768511‑M2/91‑3 (MQ=255) ttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 1:515306‑M1/50‑91 (MQ=255) ttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctaaattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 2:402390‑M1/50‑91 (MQ=255) ttGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtta < 2:462150‑M2/91‑4 (MQ=255) gAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatt > 1:3471353‑M2/1‑86 (MQ=255) aataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 1:23927‑M1/47‑91 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 1:3574324‑M2/1‑85 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCACAATAACCATAGTGCGTATc < 2:1467005/73‑1 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 1:862448‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 2:2348240‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatcat < 2:3597192‑M2/91‑8 (MQ=255) gCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcgctatggttattatg < 2:3297508‑M1/91‑35 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 1:3006466‑M2/1‑80 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct < 1:3358231‑M2/91‑12 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 1:438758‑M2/1‑80 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 2:2753588‑M2/1‑79 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 1:2904892‑M2/1‑79 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 1:1978134‑M2/1‑79 (MQ=255) gATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgccttt < 1:3864149‑M2/91‑14 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt < 2:117143‑M2/88‑13 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 1:117143‑M2/1‑76 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 1:1265291/1‑91 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 2:2079780/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGGTTATTATGCCTTTGAt < 1:1512630/91‑1 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt < 1:3727621/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |