| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1392266 = | 136 (0.710) | 19 (0.110) | 9/140 | NT | 12.9% | intergenic (+40/‑460) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1392308 = | 137 (0.820) | intergenic (+82/‑418) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1392365‑1392266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcagggtttTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > USA300TCH1516_ALE/1392308‑1392397 TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 2:2643076/1‑91TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 2:2643075/1‑91TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 1:1576633/1‑91TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC < 2:1458971/91‑1TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC < 1:2975207/91‑1TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 1:1999403/1‑91TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 1:2000041/1‑91 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:2218913/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:153240/91‑1 TCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA > 2:958776/1‑91 TCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 1:3263657/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTGAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 1:3286176/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCctga < 1:1024363/91‑5 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 2:722777/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 1:2825490/91‑1 AATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGG > 1:2900026/1‑91 AATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGG > 1:2900433/1‑91 AATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGG > 1:1424564/1‑91 ATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGT > 2:1882934/1‑91 ATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGT < 2:1840630/91‑1 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 2:3716895/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT < 1:2251704/91‑1 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:3408739/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:2065941/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:2065896/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:1061985/1‑91 AGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAA > 2:2064008/1‑91 AGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAA > 2:2064002/1‑91 TAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTA > 2:2816150/1‑91 TAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTA > 1:1911442/1‑91 TAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTA > 2:1794681/1‑91 TAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTA > 2:854095/1‑91 AAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAA > 2:2434222/1‑91 AAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAA > 2:2434115/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGAT > 1:217227/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGAT > 2:3725648/1‑91 CCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATT > 1:510886/1‑91 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 2:3393814/1‑91 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 1:2440272/1‑91 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 2:3393861/1‑91 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 2:3762413/1‑91 CTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTG > 1:122746/1‑91 CTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTG > 1:509558/1‑91 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTGTCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGAT > 1:410375/1‑91 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGAT > 1:2337114/1‑91 TTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATAT > 1:1589586/1‑91 TTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATA > 2:3064878/1‑91 CTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTGTCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAG < 2:410375/91‑1 CTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAG < 2:2337114/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 2:3028359/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 1:2047289/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 1:2047476/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 1:2047421/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT < 1:1393144/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 1:2892942/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT < 2:2936/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 2:729098/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 1:767391/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 1:1132250/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT > 2:2402608/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT > 2:2402609/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT > 2:2402442/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT < 2:2423134/91‑1 tTTTTAATTTTGTACTAAATTATAATTTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGTTTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGTTTTtt < 2:3398342/90‑3 GTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTAT < 1:3530957/91‑1 GTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTAT < 1:2476070/91‑1 TTTAAATTTGTTCTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:322716/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 1:2187245/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT > 1:900185/1‑91 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT > 1:3079813/1‑91 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 1:1957468/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT > 1:2557076/1‑91 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:1988284/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:217227/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:2961910/91‑1 TTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > 2:1357430/1‑91 TTAAATTTGTACCCAATTATCATCTGCATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAATTACTTa > 2:1908473/1‑90 TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1392365‑1392266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcagggtttTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > USA300TCH1516_ALE/1392308‑1392397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |