| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1392266 = | 136 (0.710) | 19 (0.110) | 9/140 | NT | 12.9% | intergenic (+40/‑460) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1392308 = | 137 (0.820) | intergenic (+82/‑418) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TTTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAG > USA300TCH1516_ALE/1392176‑1392356 | tttGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATA < 2:332239‑M1/91‑1 (MQ=255)taagtaattctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatgcagatgataattgggtacaaatttaa > 2:1908473‑M1/91‑91 (MQ=255) aaataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaaa < 2:1988284‑M1/2‑1 (MQ=255) aaataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaaa < 2:217227‑M1/2‑1 (MQ=255) ggAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAAC > 1:958776‑M1/1‑91 (MQ=255) ataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAAc < 1:2476070‑M1/4‑1 (MQ=255) ataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAAc < 1:3530957‑M1/4‑1 (MQ=255) gAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACC > 2:2047421‑M1/1‑91 (MQ=255) aatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCt > 2:2402609‑M1/85‑91 (MQ=255) aTTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCT > 1:1302435‑M1/1‑91 (MQ=255) atctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTg < 2:2936‑M1/8‑1 (MQ=255) atctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTg < 1:1393144‑M1/8‑1 (MQ=255) atctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTg > 2:729098‑M1/84‑91 (MQ=255) atctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTg > 1:767391‑M1/84‑91 (MQ=255) 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gCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGtt > 1:1462502/1‑91 (MQ=255) tGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTc > 2:1312936/1‑91 (MQ=255) ggCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCaaa < 2:3805244/91‑1 (MQ=255) gcgcTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTATCGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAAt > 1:3076276/1‑91 (MQ=255) cTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTaa > 1:881852/1‑91 (MQ=255) cAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCg < 1:2850104/91‑1 (MQ=255) tatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGaa > 2:3064878‑M1/63‑91 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaa < 1:1573030‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaa < 2:2253233‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGAATCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaa < 2:3421207‑M1/91‑20 (MQ=255) ataAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAt > 1:492252/1‑91 (MQ=255) taAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacc < 1:3132530‑M1/91‑24 (MQ=255) tAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATc > 2:2452961‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATct < 1:589069‑M2/91‑3 (MQ=255) aGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctc < 2:777693‑M1/91‑26 (MQ=255) aGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctc < 2:2703060‑M2/91‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |