| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1404075 = | 167 (0.880) | 18 (0.100) | 13/148 | NT | 11.2% | intergenic (+213/‑279) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1404118 = | 132 (0.750) | intergenic (+256/‑236) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 | |||||
TAACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1404171‑1404075‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAAT > USA300TCH1516_ALE/1404118‑1404207 TAACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACA‑CACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG < 2:675307/91‑1 AACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATCAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG > 1:3082146/1‑91 AACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG < 2:800048/91‑1 AACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG > 2:224873/1‑91 AACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG < 1:224873/91‑1 AACTGTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCG < 2:1922665/91‑1 ACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGT > 1:573141/1‑91 CTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTG > 1:140117/1‑91 CTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTG < 2:476836/91‑1 CTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTG > 1:2626662/1‑91 TTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGG < 1:2163168/91‑1 TTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACGTTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGT < 1:3113337/91‑1 TTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGT < 1:1810420/91‑1 TCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTG > 2:2174284/1‑91 TCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTG > 2:1708074/1‑91 TCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGCACGCGTTACCGTGGTG > 2:2973132/1‑91 AAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCA > 2:188221/1‑91 AAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAA > 1:958010/1‑91 AAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAA > 1:957967/1‑91 AGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAC > 1:3034511/1‑91 CACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGA > 2:2110911/1‑91 CACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGA > 2:2110501/1‑91 CCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAA > 1:3830459/1‑91 CACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAG > 2:308163/1‑91 ACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGT > 1:3863209/1‑91 AACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTG > 2:684681/1‑91 ACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGTCAAACTGTAGTAGTAAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGG > 2:405769/1‑91 GCATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGAT > 1:854062/1‑91 CATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATG > 1:564733/1‑91 ATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGA > 2:3743066/1‑91 ATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGA > 2:3748040/1‑91 ATATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGA > 2:525286/1‑91 TATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGAT > 1:2540023/1‑91 TATACCTGTAAGGACGCGTTA‑TGTGGTGTCTCTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGATAGTGGATGAT > 2:2969858/1‑91 GTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGATATTAAT < 1:3021522/91‑1 GTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAAT < 1:2427870/91‑1 GTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAAT > 1:1999842/1‑91 GTGGTGTCTGTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAAT < 1:3706896/91‑1 TGGTGTCTTTTTATTTAGACAAGATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAGAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATG < 2:2953310/91‑1 TGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATG < 2:2375754/91‑1 gaTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA > 1:2152319/3‑91 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTGGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA < 1:747167/91‑1 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA > 1:1397287/1‑91 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA > 2:3423390/1‑91 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA < 2:2727480/91‑1 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA > 2:2211234/1‑91 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGA > 1:3668916/1‑91 GGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGCGAACTAACACCGAGATTAATGA > 2:3130898/1‑91 GTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAA > 1:3347131/1‑91 TGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAA < 2:220136/91‑1 GTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAAT > 1:2797733/1‑91 GTCCTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATTAAAT < 1:3057469/91‑1 TAACTTTCTGTTGCTACCTTTAATTAACTACTACATTTTGTCTAAATAAAAAGACACCACATAACGCATATACCTGTAAGGACGCGTTACCGTGGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1404171‑1404075‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAAT > USA300TCH1516_ALE/1404118‑1404207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |