New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1404075 = | 167 (0.880) | 18 (0.100) | 13/148 | NT | 11.2% | intergenic (+213/‑279) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1404118 = | 132 (0.750) | intergenic (+256/‑236) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
ATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATT > USA300TCH1516_ALE/1404028‑1404208 | aTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGgtgt < 2:440918/91‑1 (MQ=255) ttGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTc < 1:2911337/91‑1 (MQ=255) ttGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTc < 1:786958/91‑1 (MQ=255) tGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCt > 2:1203060/1‑91 (MQ=255) gAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtt > 2:643462/1‑91 (MQ=255) gAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtt < 1:3545312/91‑1 (MQ=255) tgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCttt > 2:188221‑M1/44‑91 (MQ=255) aaTGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACGGGTATATGCGTTATGTGGTGTCttt > 1:3020203/1‑91 (MQ=255) aaTGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCttt < 1:1872724/91‑1 (MQ=255) aTGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtttt > 1:1266514/1‑91 (MQ=255) tGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCttttt < 1:284094/91‑1 (MQ=255) aGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttat > 2:3696414/1‑91 (MQ=255) gTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttatt > 2:3021522/1‑91 (MQ=255) ttttGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttattt > 1:18157/1‑91 (MQ=255) tttGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttattta > 1:2141902/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCCTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAg < 1:3364978/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGa < 2:1818467/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGa < 1:1265196/91‑1 (MQ=255) gAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGAc > 2:1665144/1‑91 (MQ=255) gAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGAc > 1:1136997/1‑91 (MQ=255) aaGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaa < 1:45416/91‑1 (MQ=255) gTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaaaa > 1:823429/1‑91 (MQ=255) cATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATgtag > 1:655133/1‑91 (MQ=255) gAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGtagtag < 1:3336331/91‑1 (MQ=255) aaTTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTagtagt < 1:1293859/91‑1 (MQ=255) aTTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATGTGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGtt < 1:349148/91‑1 (MQ=255) aTTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGtt < 1:297142/91‑1 (MQ=255) tATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGttaa < 2:2121794/91‑1 (MQ=255) tATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTACATGCGTCATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGttat > 1:405817/1‑90 (MQ=255) tGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGttaatt < 2:1444483/91‑1 (MQ=255) tGTTAACTAAGGTGGCACAACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACATAATGTAGTAGttgatt > 2:1120338/1‑91 (MQ=255) gTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTCATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGttaatta > 2:747167/1‑91 (MQ=255) ttAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTCGttaattaa < 1:1945663/91‑1 (MQ=255) tAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTaaa > 1:2357262/1‑91 (MQ=255) tAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTaaa > 2:3514322/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGt > 1:1360717/1‑91 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc > 1:2603716/1‑91 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc < 1:2476603/91‑1 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc > 1:2160739/1‑91 (MQ=255) aagacaccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCaa > 1:958010‑M2/48‑91 (MQ=255) aagacaccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCaa > 1:957967‑M2/48‑91 (MQ=255) tGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAc > 1:3418183/1‑91 (MQ=255) tGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAc < 1:1010762/91‑1 (MQ=255) agacaccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAc > 1:3034511‑M2/47‑91 (MQ=255) ggCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACa > 2:3274820/1‑91 (MQ=255) ggCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACa < 2:1736256/91‑1 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACTTGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTAAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTTGCAACAg < 2:3614221/91‑1 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAg > 2:551906/1‑91 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAg < 2:516999/91‑1 (MQ=255) caccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGa > 2:2110501‑M2/44‑91 (MQ=255) CACCACGGTAACGCGTGCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGa > 2:2973132‑M1/1‑91 (MQ=255) CACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGa > 2:2174284‑M1/1‑91 (MQ=255) ccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGaaa > 1:3830459‑M2/42‑91 (MQ=255) CACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAg > 1:140117‑M1/1‑91 (MQ=255) CACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAg > 1:2626662‑M1/1‑91 (MQ=255) ACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGt > 1:573141‑M1/1‑91 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGACAGtt < 2:1922665‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGtt > 2:224873‑M1/1‑91 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGtt < 2:800048‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGtt < 1:224873‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTG‑TGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTa < 2:675307‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAg < 1:742837/91‑1 (MQ=255) tAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGt > 2:148632/1‑91 (MQ=255) tAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGt < 2:1601657/91‑1 (MQ=255) tAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGt < 2:1975709/91‑1 (MQ=255) tAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGt < 2:3467183/91‑1 (MQ=255) acgcatatacctgtaaggacgcgttatgtggtgTCTTTTTATTTAGTCAAACTGTAGTAGTAAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTgg > 2:405769‑M2/34‑91 (MQ=255) aCGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTgg < 1:1514091/91‑1 (MQ=255) aCGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTgg > 1:2582197/1‑91 (MQ=255) cgcgTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTGATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGga > 1:3112489/1‑91 (MQ=255) cgcgTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGga > 1:1717143/1‑91 (MQ=255) cgcgTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGga < 2:67690/91‑1 (MQ=255) cgcgTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGga < 1:1326039/91‑1 (MQ=255) gcatatacctgtaaggacgcgttatgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGgat > 1:854062‑M2/32‑91 (MQ=255) atatacctgtaaggacgcgttatgtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGgatga > 2:3748040‑M2/30‑91 (MQ=255) cTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGAtgt > 1:1165895/1‑91 (MQ=255) tACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGa < 1:2189442/91‑1 (MQ=255) tACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGa < 2:3583794/91‑1 (MQ=255) cAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAAc < 2:2631121/91‑1 (MQ=255) cAGGTACATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAAc > 1:3021749/1‑91 (MQ=255) tataTGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAac > 1:2347095/1‑91 (MQ=255) atGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACAcc < 2:2529229/91‑1 (MQ=255) tGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCg > 2:1782794/1‑91 (MQ=255) cGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCgag < 1:1566702/91‑1 (MQ=255) gTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCgaga > 1:1986416/1‑91 (MQ=255) ttATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGAt > 1:526616/1‑91 (MQ=255) ttATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGAt > 1:1539101/1‑91 (MQ=255) tATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGAtt < 1:313128/91‑1 (MQ=255) gtggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAAt > 1:1999842‑M2/7‑91 (MQ=255) gtggtgTCTGTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAAt < 1:3706896‑M2/85‑1 (MQ=255) tggtgTCTTTTTATTTAGACAAGATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAGAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATg < 2:2953310‑M2/86‑1 (MQ=255) tggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATg < 2:2375754‑M2/86‑1 (MQ=255) ggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGa > 2:3423390‑M2/5‑91 (MQ=255) ggtgTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGa < 2:2727480‑M2/87‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |