| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1555332 = | 194 (1.020) | 20 (0.120) | 13/140 | NT | 11.5% | intergenic (+28/+78) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1555376 = | 139 (0.840) | intergenic (+72/+34) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU | |||||
GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1555431‑1555332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgctttttATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > USA300TCH1516_ALE/1555376‑1555465 aAATTTCTTGACAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAACATGCAGATAGTAATAAAAAGCAGGTGGCTATCAATAAACGATAGCTTGC < 2:2985558/90‑1GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC < 2:3042202/91‑1GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC < 1:3730760/91‑1GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC < 1:1151208/91‑1GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC > 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USA300TCH1516_ALE/1555431‑1555332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgctttttATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > USA300TCH1516_ALE/1555376‑1555465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |