| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1555332 = | 194 (1.020) | 20 (0.120) | 13/140 | NT | 11.5% | intergenic (+28/+78) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1555376 = | 139 (0.840) | intergenic (+72/+34) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CCTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTC > USA300TCH1516_ALE/1555242‑1555422 | ctattgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataata < 1:3287259‑M1/1‑1 (MQ=255) tattgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataa > 2:2015991‑M1/90‑91 (MQ=255) cTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaa < 1:1365238/91‑1 (MQ=255) cTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaa > 2:3022915/1‑91 (MQ=255) tACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaaa > 1:1912205/1‑91 (MQ=255) attgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaa < 1:1673098‑M1/3‑1 (MQ=255) attgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaa < 2:1912205‑M1/3‑1 (MQ=255) ttgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgcaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaa > 2:3413027‑M1/88‑91 (MQ=255) ttgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaa < 2:2646600‑M1/4‑1 (MQ=255) ttgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaa > 2:3801047‑M1/88‑91 (MQ=255) ttgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaa > 1:2339438‑M1/88‑91 (MQ=255) aCAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaaaa > 1:604837/1‑91 (MQ=255) aCAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaaaa > 2:1775251/1‑91 (MQ=255) tgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaaa > 1:289047‑M1/87‑91 (MQ=255) cAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaaaaa > 1:1713878/1‑91 (MQ=255) cAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGaaaaa < 1:2185555/91‑1 (MQ=255) gtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAg < 2:320345‑M1/6‑1 (MQ=255) gtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataaaaatAAAAAg > 2:574974‑M1/86‑91 (MQ=255) tatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGc < 2:1078582‑M1/7‑1 (MQ=255) atttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCa > 2:537946‑M1/84‑91 (MQ=255) tCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAgg < 1:1780545/91‑1 (MQ=255) tATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCa < 2:2295031/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGAAAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCaa > 1:1286498/1‑91 (MQ=255) aTTAAAATTGCAGACGAATCATTTGAAGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCaa > 2:2210129/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAg > 1:3505979/1‑91 (MQ=255) aaaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCt < 2:1223416/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCt < 1:1151220/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTa < 2:3189055/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTa < 1:1100174/91‑1 (MQ=255) aaTTGCAGACGAATCATTTGATGTGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTAt < 1:3762733/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATc < 2:399942/91‑1 (MQ=255) ttGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCg > 1:3489300/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCg < 1:3316175/91‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGt < 1:671467/91‑1 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:3121668/1‑91 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:188095/1‑91 (MQ=255) gACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAt > 2:1057862/1‑91 (MQ=255) gACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAt < 1:3231437/91‑1 (MQ=255) gACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAt < 1:1850720/91‑1 (MQ=255) aCGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAtt > 2:1817671/1‑91 (MQ=255) aCGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAtt > 2:3518137/1‑91 (MQ=255) aCGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAtt < 2:589102/91‑1 (MQ=255) aggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAtt > 1:912606‑M1/65‑90 (MQ=255) aaTCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGAt > 2:2720948/1‑91 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGt > 2:2400799/1‑91 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGt < 2:3252223/91‑1 (MQ=255) gcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:855827‑M1/59‑91 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 2:3746707/1‑91 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc < 1:1052153/91‑1 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:3064939/1‑91 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:1205356/1‑91 (MQ=255) tttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa < 2:691942/91‑1 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAc > 1:2493916/1‑91 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCt < 1:3155393/91‑1 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCt < 1:2590196/91‑1 (MQ=255) ttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGc > 2:3733228‑M1/53‑91 (MQ=255) tGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGc > 2:2067164/1‑91 (MQ=255) tcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCt > 2:448723‑M1/52‑91 (MQ=255) ggggACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGTCTATTGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCt > 2:1314056/1‑91 (MQ=255) gggACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCtt < 2:2833798/91‑1 (MQ=255) cttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCtt > 2:639650‑M1/51‑91 (MQ=255) ggACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCttt > 2:1137660/1‑91 (MQ=255) gACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCtttt < 2:2461901/91‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttat > 2:1932927/1‑91 (MQ=255) gCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttat > 1:345561/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt < 1:243167/91‑1 (MQ=255) aagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataacaatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt > 1:1480165‑M1/45‑91 (MQ=255) aaaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatta < 2:2582526/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 2:2498397/1‑63 (MQ=255) aaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa < 1:2498397/63‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTtattattat < 2:3113027/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTtattattat > 2:1421342/1‑91 (MQ=255) aaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtg < 1:1289109/91‑1 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg < 1:2429167/91‑1 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg > 1:1985500/1‑91 (MQ=255) gAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGtat < 2:707531/91‑1 (MQ=255) aataatTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGtata > 1:10246/1‑91 (MQ=255) ataatTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTatat < 1:381213/91‑1 (MQ=255) aattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTatat > 1:926964‑M1/32‑91 (MQ=255) taatTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTAtatt < 1:556091/91‑1 (MQ=255) aatTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTAtatta > 2:2356309/1‑91 (MQ=255) aatTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTAtatta < 1:717179/91‑1 (MQ=255) atTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTAtattat < 1:1406671/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTAttt < 1:2659143/91‑1 (MQ=255) tGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTAttt < 2:1506120/91‑1 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc > 1:1122482/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc > 2:872012/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGc > 1:70022/1‑91 (MQ=255) ttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTa > 2:3623530/1‑91 (MQ=255) ttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTa > 1:859286/1‑91 (MQ=255) tAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTaa > 1:213846/1‑91 (MQ=255) tAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTaa > 1:2924815/1‑91 (MQ=255) tAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATAGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTaa > 2:3003144/1‑91 (MQ=255) aGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAt > 2:2481350/1‑91 (MQ=255) cAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAtttt < 2:279438/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |