| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1611738 | 154 (0.810) | 17 (0.100) | 14/148 | NT | 10.5% | coding (711/738 nt) | rluB | Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1611757 | 146 (0.830) | coding (692/738 nt) | rluB | Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B | |||||
AGTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1611643‑1611738‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgcCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC < USA300TCH1516_ALE/1611757‑1611668 AGTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAAT < 2:754121/91‑1AGTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAAT > 1:2191828/1‑91 GTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATG < 2:1254342/91‑1 GTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATG < 2:686113/91‑1 GTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGGGATAAATACATATTTTATTTAACTATTTCCCATGTTCTGCTAAATG < 1:3074872/91‑1 GTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGCGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATG < 1:3075204/91‑1 ATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACG > 2:795355/1‑91 TTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTTCTAAATTACGC > 2:354380/1‑91 TTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGC > 1:1900143/1‑91 TTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGC < 1:1751019/91‑1 TTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAG < 1:623628/91‑1 TGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTG < 1:1901840/91‑1 GTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGA < 2:766348/91‑1 GAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATG < 2:1573827/91‑1 GAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATG < 1:3171459/91‑1 AAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGC < 2:3022407/91‑1 AAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGC < 2:2937789/91‑1 AAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGC < 2:3022425/91‑1 AAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCG < 1:3400489/91‑1 AAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGT < 1:1391075/91‑1 AAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTC < 1:3388889/91‑1 ATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCAT < 1:2508273/91‑1 TTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAAC < 1:2520874/91‑1 GATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGG < 2:2171643/91‑1 TTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGTCGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAAT < 1:2591372/91‑1 TATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGACATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAA < 2:135686/91‑1 TGCTAAATGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTT < 1:3565937/91‑1 TGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATT > 1:3773198/1‑91 TGACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATT > 1:1815616/1‑91 ACGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTT < 1:880662/91‑1 CGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTT > 1:2901111/1‑91 CGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTT < 1:971951/91‑1 CGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTT > 2:1757986/1‑91 CGCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTT > 1:1970669/1‑91 GCCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTT > 1:246644/1‑91 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC < 2:828922/91‑1 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC > 2:2321100/1‑91 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC > 1:3585100/1‑91 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC > 1:2515946/1‑91 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC > 1:2133321/1‑91 CCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC > 1:1587508/1‑91 AGTTATTAAAAACCTAAAATTTTGTGAAAAAATTCTCAAACTTTGTGATAAATACATATTTTATTTAATTATTTCCCATGTTCTGCTAAATGACGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1611643‑1611738‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgcCTCATGAAGTAAAAGTGATGCGTCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTC < USA300TCH1516_ALE/1611757‑1611668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |