| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1671778 = | 208 (1.090) | 19 (0.110) | 10/146 | NT | 9.5% | intergenic (‑23/+108) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1671809 = | 171 (0.980) | intergenic (‑54/+77) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA | |||||
TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1671872‑1671778‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacctcACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > USA300TCH1516_ALE/1671809‑1671898 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 2:2210664/91‑1TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA > 1:3394251/1‑91TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:3544170/91‑1 AATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAAC < 1:3750641/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGTATAATGTTCAACC > 2:1696460/1‑91 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:3035953/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC > 1:2893350/1‑91 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 1:3018172/91‑1 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 1:484143/1‑91 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 1:483854/1‑91 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 1:482353/1‑91 TGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTAT > 1:1275745/1‑91 AGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCA > 1:419962/1‑91 AGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTATTCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTATTGGTATCAATCA > 1:3883468/1‑91 AGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCA > 2:1358739/1‑91 AGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCA > 1:76411/1‑91 GGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCAT > 1:3533796/1‑91 GGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCAT > 1:3534799/1‑91 gtttGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATT > 2:593861/5‑91 GTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATT > 2:2884633/1‑91 TTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTA > 1:3107515/1‑91 TGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAA > 2:2842966/1‑91 TGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAA > 1:3153770/1‑91 TGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAA > 2:121671/1‑91 GGTACATTGACTAATGTTCAACCCCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCTCTTACTCATGTCTTGGTATCAATCACTAAA > 2:3536065/1‑91 GGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAA > 1:1098811/1‑91 GGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAA > 1:1709272/1‑91 GGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAA > 2:2913339/1‑91 ACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATT > 2:2005782/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTG > 2:2639910/1‑91 TGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTA > 2:312492/1‑91 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCA > 2:3701332/1‑91 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCA > 2:1067413/1‑91 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCA > 2:1067475/1‑91 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCA < 1:1885443/91‑1 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGAGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCTTTAAAATTGATATAAATTAATCCA > 2:3609104/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCTATCATTAAAATTGATATAAATTAGTCCAT > 2:3567673/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 2:913603/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 2:1000544/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 2:3692353/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 1:3600957/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 2:3663779/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 1:2697155/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 2:3470822/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 1:211049/91‑1 CCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATA < 1:2316922/91‑1 CCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATA < 1:1744318/91‑1 CCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATA < 1:2316921/91‑1 CTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAA > 2:2768711/1‑91 TCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATACATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAA > 2:1153672/1‑91 TCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAA > 2:1153826/1‑91 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG < 1:28918/91‑1 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG < 2:2271054/91‑1 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG < 2:2270881/91‑1 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1671872‑1671778‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacctcACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > USA300TCH1516_ALE/1671809‑1671898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |