| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1671778 = | 208 (1.090) | 19 (0.110) | 10/146 | NT | 9.5% | intergenic (‑23/+108) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1671809 = | 171 (0.980) | intergenic (‑54/+77) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ATATCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAAT > USA300TCH1516_ALE/1671688‑1671867 | ctttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtg < 2:2271054‑M1/1‑1 (MQ=255)atatCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAag > 2:830139/1‑91 (MQ=255)atatCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAag > 1:1516377/1‑91 (MQ=255)atatCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAag < 1:538033/91‑1 (MQ=255) tttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtga > 2:1153826‑M1/90‑91 (MQ=255) atCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAagag > 2:3254975/1‑91 (MQ=255) tatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAgg < 1:2316922‑M1/4‑1 (MQ=255) tatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAgg < 1:1744318‑M1/4‑1 (MQ=255) tCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAgg < 1:1447135/91‑1 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt < 1:211049‑M1/5‑1 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt > 1:3600957‑M1/87‑91 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt < 1:2697155‑M1/5‑1 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt > 2:1000544‑M1/87‑91 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt > 2:3470822‑M1/87‑91 (MQ=255) 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taatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACa > 2:312492‑M1/81‑91 (MQ=255) gTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACatt > 1:2422312/1‑91 (MQ=255) tACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACatta > 1:2809081/1‑91 (MQ=255) aCCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattat > 2:1312361/1‑91 (MQ=255) aCCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattat < 1:3798172/91‑1 (MQ=255) aCCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattat < 1:3701765/91‑1 (MQ=255) aCCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattat > 1:2490769/1‑91 (MQ=255) ccTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattatt < 2:2092109/91‑1 (MQ=255) ccTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattatt < 1:2156498/91‑1 (MQ=255) tGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCaa < 2:2872717/91‑1 (MQ=255) tGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATAAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCaa < 2:3420032/91‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAAt < 2:164312/91‑1 (MQ=255) caattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATg > 2:2639910‑M1/71‑91 (MQ=255) aattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGt > 2:2005782‑M1/70‑91 (MQ=255) tttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTAcc > 1:1098811‑M1/67‑91 (MQ=255) aaaaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTAcc > 1:1546133/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTAcc < 2:17867/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTATATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTAcc < 2:670925/91‑1 (MQ=255) ttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCa > 1:3153770‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCa > 1:2279031/1‑91 (MQ=255) aaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAAc < 1:343488/91‑1 (MQ=255) atgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAAcc > 1:3533796‑M1/63‑91 (MQ=255) aTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCACTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAAcc > 1:2230986/1‑91 (MQ=255) tgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACct > 1:76411‑M1/62‑91 (MQ=255) 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ataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcactca > 1:1275745‑M1/56‑91 (MQ=255) aCCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCaa > 2:2332565/1‑91 (MQ=255) ccGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAg > 2:3618022/1‑91 (MQ=255) cgtcgtTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCATCCTCACTCAAGt < 1:2968762/91‑1 (MQ=255) cgtcgtTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGt < 1:928462/91‑1 (MQ=255) gtcgtTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGtt < 2:1129102/91‑1 (MQ=255) cgtTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTaa < 2:1266442/91‑1 (MQ=255) ttAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAAt > 1:402699/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |