| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1676788 | 181 (0.950) | 24 (0.130) | 14/156 | NT | 11.7% | intergenic (‑344/‑75) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1676835 | 186 (1.000) | intergenic (‑391/‑28) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase | |||||
AATAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1676697‑1676788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTACG < USA300TCH1516_ALE/1676835‑1676746 AATAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTC < 2:981707/91‑1AATAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTC < 1:1479271/91‑1AATAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTC < 1:52731/91‑1 AGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTC > 1:2999631/1‑85 AGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAAGACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTC < 2:2999631/85‑1 CACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACA < 1:1546971/91‑1 CTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGC < 2:2596734/91‑1 CTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGC < 1:459157/91‑1 CCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTT < 1:1247623/91‑1 CCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTT < 1:1247533/91‑1 GCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTA < 2:3762762/91‑1 GCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTA < 1:55586/91‑1 GGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACT < 2:2953934/91‑1 GGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACT < 2:1021423/91‑1 GGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTT < 2:866893/91‑1 GGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTT < 1:3131376/91‑1 GGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTT < 2:1217122/91‑1 GGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTT < 2:1217049/91‑1 TTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATATCAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCC < 2:2214174/91‑1 TAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCA < 1:2490542/91‑1 TAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCA < 2:630139/91‑1 AACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAG < 1:2583306/91‑1 AACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAG < 1:2583325/91‑1 ACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGT < 1:1686765/91‑1 CTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTT < 2:2323093/91‑1 TATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAA < 2:3636543/91‑1 TATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAA < 2:3636648/91‑1 TTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATA < 2:381245/91‑1 gATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGG‑AAGT‑ACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTG < 2:1184104/90‑1 CGCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTAC < 1:2648072/91‑1 GCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTGTATAATACAAAATAAGTTACG < 1:2333450/91‑1 GCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTACG > 1:2389625/1‑91 GCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTACG > 2:2911085/1‑91 GCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTACG > 1:2389818/1‑91 AATAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1676697‑1676788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgCCCCATGGAAAATAACAGCATAGTAAATATGCTTTACTTCCATGGGACGAGTTAATATTTTAAATTGTATATAATACAAAATAAGTTACG < USA300TCH1516_ALE/1676835‑1676746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |