New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1676788 | 181 (0.950) | 24 (0.130) | 14/156 | NT | 11.7% | intergenic (‑344/‑75) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1676835 | 186 (1.000) | intergenic (‑391/‑28) | ccpN/glyQS | Transcriptional repressor CcpN/Glycine‑‑tRNA ligase |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGATATGG > USA300TCH1516_ALE/1676699‑1676878 | aaaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTc < 1:720625/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTc > 2:2860945/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTc > 1:2207416/1‑91 (MQ=255) aaaGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTcc < 2:3257257/91‑1 (MQ=255) gCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCAt > 2:2109249/1‑91 (MQ=255) aGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGa > 1:432192/1‑91 (MQ=255) tGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAg > 2:3586910/1‑91 (MQ=255) aCTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTa < 1:1716345/91‑1 (MQ=255) acacTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAg < 2:1847485/91‑1 (MQ=255) cacTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataaca < 1:1546971‑M1/91‑18 (MQ=255) cacTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGc < 2:1147542/91‑1 (MQ=255) cTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATCTACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCat < 2:2942173/91‑1 (MQ=255) cTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTGAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCat < 2:3812846/91‑1 (MQ=255) cTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagc < 1:459157‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTTGGTTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAtt > 1:3022474/1‑91 (MQ=255) tttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATAttt < 2:1679084/91‑1 (MQ=255) ttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTa > 2:1996731/1‑91 (MQ=255) ttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTa > 2:3124059/1‑91 (MQ=255) ttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCACATTTa > 2:3572330/1‑91 (MQ=255) ttGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGAATATTTa > 2:2001374/1‑91 (MQ=255) tGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTAc < 1:2082395/91‑1 (MQ=255) gggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTGTTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACt < 1:383519/91‑1 (MQ=255) gggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACt > 2:2749294/1‑91 (MQ=255) gggTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACt < 2:3473396/91‑1 (MQ=255) gTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTAt < 1:3337858/91‑1 (MQ=255) tGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATg > 1:64399/1‑91 (MQ=255) tGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATg > 1:2014317/1‑91 (MQ=255) tGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATg > 1:77357/1‑91 (MQ=255) ggAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGc < 1:1222347/91‑1 (MQ=255) aCCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGt < 1:1325272/91‑1 (MQ=255) cgcgGGTTAAATACGTAACTTATTTAGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTa < 1:3613466/91‑1 (MQ=255) gcgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAt < 2:2880163/91‑1 (MQ=255) cgGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAtt > 2:1169750/1‑91 (MQ=255) gggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGtcccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttact < 2:1021423‑M1/91‑39 (MQ=255) gggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAttt > 1:1825688/1‑91 (MQ=255) ggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttactt < 2:866893‑M1/91‑40 (MQ=255) ggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttactt < 2:1217122‑M1/91‑40 (MQ=255) ggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAtttt > 1:3406978/1‑91 (MQ=255) ggTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTAtttt > 2:2271267/1‑91 (MQ=255) ttAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaatatcagcatagtaaatatgctttacttcc < 2:2214174‑M1/91‑42 (MQ=255) tAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttcca < 1:2490542‑M1/91‑43 (MQ=255) tAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCa > 2:3343207/1‑91 (MQ=255) tAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCa < 1:3511915/91‑1 (MQ=255) aaaTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCAt > 2:2624641/1‑91 (MQ=255) aaTACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATg > 2:3351673/1‑91 (MQ=255) tACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATggg < 2:2622996/91‑1 (MQ=255) tACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATggg < 2:692809/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 2:1076372/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 2:1039083/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 2:2445552/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 1:1167364/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATgggg < 2:1075866/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATggga < 2:159019/91‑2 (MQ=255) cGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGc > 1:2389625‑M2/1‑90 (MQ=255) cGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGc > 1:2389818‑M2/1‑90 (MQ=255) cGTAACTTATTTTGTATTATACACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGc < 1:2333450‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgag < 1:2583306‑M1/91‑52 (MQ=255) aaCTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGtt < 1:3138899/91‑1 (MQ=255) aCTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagt < 1:1686765‑M1/91‑53 (MQ=255) aCTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGttt < 1:1435426/91‑1 (MQ=255) tATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaa < 2:3636648‑M1/91‑56 (MQ=255) aTTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCAt < 1:3691085/91‑1 (MQ=255) ttttGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaata < 2:381245‑M1/91‑58 (MQ=255) tttGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGt < 2:2320926/91‑1 (MQ=255) tGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTAt < 2:818782/91‑1 (MQ=255) tGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTAt > 2:30128/1‑91 (MQ=255) tGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTAt > 1:791708/1‑91 (MQ=255) tGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTCATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTAt < 2:2207416/91‑1 (MQ=255) gTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATg < 2:914743/91‑1 (MQ=255) gTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATg < 2:1427646/91‑1 (MQ=255) gTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATg > 1:586783/1‑91 (MQ=255) tattatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATga > 2:3520945/1‑91 (MQ=255) attatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgag < 2:643383/91‑1 (MQ=255) attatATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgag > 2:2701104/1‑91 (MQ=255) atataCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATgaggag < 2:19550/91‑1 (MQ=255) tataCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGgaga < 2:422297/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGagag < 1:3067339/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGagag < 2:136679/91‑1 (MQ=255) taCAATTTAAGATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAgg < 1:54569/91‑1 (MQ=255) taCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAgg > 2:2503470/1‑91 (MQ=255) taCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAgg > 1:3810621/1‑91 (MQ=255) taCAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAgg < 2:3287703/91‑1 (MQ=255) cAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGT‑ACTT‑CCATGGGAcgagttaatattttaaattgtatatc < 2:1184104‑M2/91‑27 (MQ=255) tttAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAAtt < 2:3260583/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAAtt < 2:2535416/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTa < 1:3238687/91‑1 (MQ=255) tAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTAt < 1:2931251/91‑1 (MQ=255) aaTATTAACTCGTCCCATGGAAGTAGAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGc < 2:3652395/91‑1 (MQ=255) aaTATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGc < 1:931708/91‑1 (MQ=255) aaTATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGc < 2:2344306/91‑1 (MQ=255) atatTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCa > 1:2857576/1‑91 (MQ=255) tatTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaa > 1:2676628/1‑91 (MQ=255) tatTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaa > 2:1904783/1‑91 (MQ=255) tatTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaa > 1:2232283/1‑91 (MQ=255) atTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCaaa < 2:2818949/91‑1 (MQ=255) aCTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGat > 1:2809661/1‑91 (MQ=255) cTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGcgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagtt < 1:2583325‑M2/91‑41 (MQ=255) tCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGatat > 1:1003353/1‑91 (MQ=255) cGccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagttac < 1:2648072‑M1/91‑90 (MQ=255) gccccatggaaaataacagcatagtaaatatgctttacttccatgggacgagttaatattttaaattgtatataatacaaaataagttacg > 2:2911085‑M1/1‑1 (MQ=255) | TAAAAGCGAGTGACTACACTAATTTGGGTGGAACCGCGGGTTAAATACGTAACTTATTTTGTATTATATACAATTTAAAATATTAACTCGTCCCATGGAAGTAAAGCATATTTACTATGCTGTTATTTTCCATGGGGCGTTTTCATGTATGAGGAGAGGTAATTATGGCAAAAGATATGG > USA300TCH1516_ALE/1676699‑1676878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |