| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1682514 = | 141 (0.740) | 25 (0.150) | 13/140 | NT | 16.9% | intergenic (‑259/+45) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1682550 = | 122 (0.730) | intergenic (‑295/+9) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
AGTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1682613‑1682514‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcttgttttCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGAACGCTGA > USA300TCH1516_ALE/1682550‑1682639 AGTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTT > 1:1172450/1‑91AGTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTT > 2:1269743/1‑91 GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG < 2:2597383/91‑1 GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG > 1:918998/1‑91 GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG < 1:2967171/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCTGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTGTAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 2:2944970/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC > 2:1776076/1‑91 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 1:2253345/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 1:2596078/91‑1 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT > 2:3127727/1‑91 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT < 2:1020605/91‑1 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT > 1:2145368/1‑91 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT > 1:2146448/1‑91 TCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG < 1:84143/91‑1 TCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG > 2:1628644/1‑91 TCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG > 1:457205/1‑91 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT < 1:2415364/91‑1 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 1:2327676/1‑91 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT < 2:2332619/91‑1 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 1:3802205/1‑91 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 2:2327036/1‑91 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 2:1426164/1‑91 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 2:3260746/1‑91 ATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT < 1:2841878/91‑1 ATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT > 2:2180711/1‑91 ATGGTATGATATGGTCAGAAATTGTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT < 2:1604262/91‑1 TGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT < 1:2837601/91‑1 TGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT < 1:28765/91‑1 TGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT > 2:1456036/1‑91 GCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT > 1:2089316/1‑65 GCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT < 2:2089316/65‑1 AAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAA > 1:1727301/1‑91 TATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTG > 1:1454078/1‑91 TATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCG‑‑A‑‑‑TAG‑TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATA > 1:3474124/1‑91 TATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCG‑‑A‑‑‑TAG‑TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATA > 1:1532744/1‑91 TTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATA > 1:2602230/1‑91 AAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGAT > 2:1977528/1‑91 AAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGAT > 2:2924551/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT > 1:808292/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT > 1:1723671/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT > 1:2288932/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT < 2:1454078/91‑1 GCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTA > 1:112024/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:3697134/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:2314779/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:1881986/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:3396117/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 2:2739245/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 2:2344736/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:783174/1‑91 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GCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGG < 2:1366048/91‑1 GCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGG < 2:2286719/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATTCCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 1:620464/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 2:1431526/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 2:1431543/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA > 2:2172212/1‑91 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 2:3749332/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 1:353773/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA > 1:844413/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |