| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1682514 = | 141 (0.740) | 25 (0.150) | 13/140 | NT | 16.9% | intergenic (‑259/+45) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1682550 = | 122 (0.730) | intergenic (‑295/+9) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCA > USA300TCH1516_ALE/1682424‑1682604 | tcagcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttga > 2:1387876‑M1/91‑91 (MQ=255) aTTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATATCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAA > 1:3285277‑M1/1‑91 (MQ=255) tttAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAA < 1:1328729‑M1/91‑1 (MQ=255) gcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgaaaa < 1:195903‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgaaaa < 2:2596078‑M1/4‑1 (MQ=255) tAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACA > 2:2853688‑M1/1‑91 (MQ=255) aGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAA > 1:393217‑M1/1‑91 (MQ=255) tccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAg < 2:1431543‑M1/8‑1 (MQ=255) tccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAg > 2:2172212‑M1/84‑91 (MQ=255) tccaatttgataaagatgaagtaatcaatggaatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAg < 1:620464‑M1/8‑1 (MQ=255) gACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAG < 2:338587‑M1/91‑1 (MQ=255) ccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGc < 2:589313‑M1/9‑1 (MQ=255) aCTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGC < 1:958061‑M1/91‑1 (MQ=255) cTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 2:683447‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cgCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTAATTAACAAAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGa < 2:3856998/90‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGAt < 2:168898/91‑1 (MQ=255) gCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGAt < 2:2272921/91‑1 (MQ=255) gaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:3007494‑M1/67‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 2:2000289/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:1288559/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 1:1179846/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg < 2:1067069/91‑1 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 1:1689577/1‑91 (MQ=255) aagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 1:850973‑M1/66‑91 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagtt < 1:2435157‑M1/91‑18 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt < 1:469367‑M2/91‑2 (MQ=255) agtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaagccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt > 2:3660938‑M1/65‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:2314779‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 2:2344736‑M1/64‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtagtggtagttgc < 2:2419763‑M1/91‑20 (MQ=255) 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tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc < 1:2676946/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 1:2828751/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 2:1898684/1‑91 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 2:3245064/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 2:1967768/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 1:3487154/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 1:299915/1‑91 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 1:2616072/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |