| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766678 = | 153 (0.800) | 14 (0.080) | 6/140 | NT | 8.9% | intergenic (+22/+201) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766721 = | 154 (0.930) | intergenic (+65/+158) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
TAGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1766777‑1766678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtctcgtttTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1766721‑1766810 TAGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGAT > 2:1571196/1‑91 AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 2:2316612/1‑91 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT < 1:1174696/91‑1 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT < 2:2244413/91‑1 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT > 1:253629/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |