| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766678 = | 153 (0.800) | 14 (0.080) | 6/140 | NT | 8.9% | intergenic (+22/+201) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766721 = | 154 (0.930) | intergenic (+65/+158) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAAT > USA300TCH1516_ALE/1766588‑1766768 | gtacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaa > 2:2143735‑M1/91‑91 (MQ=255)gtacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaa < 1:3510006‑M1/1‑1 (MQ=255) ttttAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAA > 1:547908‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAA < 2:655955‑M1/91‑1 (MQ=255) tacgtctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacaataaaaa > 1:3010733‑M1/90‑91 (MQ=255) tacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaa < 1:2595633‑M1/2‑1 (MQ=255) tacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaa < 2:2636846‑M1/2‑1 (MQ=255) tacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaa < 2:517523‑M1/2‑1 (MQ=255) tttAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAA < 2:2702119‑M1/91‑1 (MQ=255) acatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaaa > 1:1771378‑M1/89‑91 (MQ=255) catctatttttagtttaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAAc < 2:1993637‑M1/4‑1 (MQ=255) catctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAAc < 2:227899‑M1/4‑1 (MQ=255) catctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAAc < 2:1392497‑M1/4‑1 (MQ=255) aGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGA > 1:1163021‑M1/1‑91 (MQ=255) 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atgCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACt > 1:3273776/1‑91 (MQ=255) acaTTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATa < 2:2687194/91‑1 (MQ=255) tttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatga < 2:172935‑M1/91‑24 (MQ=255) ttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACt < 1:2038493‑M2/91‑2 (MQ=255) tACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatg < 1:1022401‑M1/91‑26 (MQ=255) tACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtg > 1:2425770‑M2/1‑89 (MQ=255) agcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTg > 2:1063362‑M1/57‑91 (MQ=255) cAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtc < 2:3744582‑M1/91‑28 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |