New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 1766721 = | 154 (0.930) | intergenic (+65/+158) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1766632‑1766810 | tCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGttttt > 2:1860323/1‑91 (MQ=255) tCCATCAAAGCCCAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGttttt > 1:2968467/1‑91 (MQ=255) ccATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGtttttt > 1:260749/1‑91 (MQ=255) ccATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGtttttt < 1:1452839/91‑1 (MQ=255) cATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTa < 2:196888/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTaa < 2:1114654/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTaa < 2:1114822/91‑1 (MQ=255) tCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATACAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAt > 1:1714265/1‑91 (MQ=255) cAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtg > 2:3279826/1‑91 (MQ=255) aaaGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgt > 1:2411740/1‑91 (MQ=255) aGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGa > 1:3490252/1‑91 (MQ=255) aGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGa > 1:2169744/1‑91 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa > 2:1396246/1‑91 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa > 1:388931/1‑91 (MQ=255) 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aaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt > 1:1871653/1‑91 (MQ=255) aaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt < 1:288577/91‑1 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgtg > 2:2504337/1‑83 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgtg < 1:2504337/83‑1 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTa > 2:3301644/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTAtt > 2:2412556/1‑91 (MQ=255) aattaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCa > 1:1397203/1‑91 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt > 2:1793136/1‑91 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt < 1:1277995/91‑1 (MQ=255) tttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCAt > 1:1821930/1‑91 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAATTTTATTCAAATCATa > 2:3679537/1‑91 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATa < 2:1504883/91‑1 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATa > 1:3772661/1‑91 (MQ=255) tataGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGtt > 1:2415915/1‑91 (MQ=255) ataGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTa < 1:49559/91‑1 (MQ=255) aGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTaaa < 2:2091304/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |