| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766687 | 153 (0.800) | 15 (0.090) | 9/140 | NT | 9.4% | intergenic (+31/+192) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766710 | 154 (0.930) | intergenic (+54/+169) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
TTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1766589‑1766687‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacgagacaGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTACTTTATGATGCTATAGCAAATTAATTATGTTTAGGCTTTGATGGACAATCTTGTAA < USA300TCH1516_ALE/1766710‑1766621 TTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAA < 2:655955/91‑1TTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAA > 1:547908/1‑91 TTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAA < 2:2702119/91‑1 TTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAA < 2:1816534/91‑1 TTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAAC > 2:3734464/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |