| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766687 | 153 (0.800) | 15 (0.090) | 9/140 | NT | 9.4% | intergenic (+31/+192) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766710 | 154 (0.930) | intergenic (+54/+169) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAA > USA300TCH1516_ALE/1766620‑1766800 | agcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTg > 2:1063362‑M1/57‑91 (MQ=255) agcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTg > 1:3287113‑M1/57‑91 (MQ=255) gcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGt > 1:1483241‑M1/56‑91 (MQ=255) cAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAAGTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtc > 2:2568818‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGTCATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtct > 2:1697134‑M2/1‑86 (MQ=255) aGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctc < 2:1041972‑M2/91‑7 (MQ=255) 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gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa > 1:2285447/1‑91 (MQ=255) cTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaaaa < 2:1732824/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt > 1:1871653/1‑91 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgtg < 1:2504337/83‑1 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTa > 2:2093418/1‑91 (MQ=255) aattaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCa < 2:26016/91‑1 (MQ=255) attaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCaa > 1:2133014/1‑91 (MQ=255) ttaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCaaa > 1:164898/1‑91 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt > 1:2176770/1‑91 (MQ=255) tttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCAt > 1:1821930/1‑91 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAATTTTATTCAAATCATa > 2:3679537/1‑91 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATa < 2:120724/91‑1 (MQ=255) ttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATa > 1:3772661/1‑91 (MQ=255) gCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAg < 1:1379432/91‑1 (MQ=255) gCTATAGCATCAT‑AAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGt > 2:264607/1‑91 (MQ=255) cTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGt > 2:1348712/1‑91 (MQ=255) ataGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTa < 1:1129616/91‑1 (MQ=255) taGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTaa > 2:1834688/1‑91 (MQ=255) aGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTaaa < 1:2415598/91‑1 (MQ=255) aGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTaaa < 2:3504794/91‑1 (MQ=255) tcatAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTc > 2:2069108/1‑91 (MQ=255) atAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCa < 1:2439224/91‑1 (MQ=255) atAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCa > 1:1747365/1‑91 (MQ=255) tAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCaa < 2:2296798/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |