| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766687 | 153 (0.800) | 15 (0.090) | 9/140 | NT | 9.4% | intergenic (+31/+192) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1766710 | 154 (0.930) | intergenic (+54/+169) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTA > USA300TCH1516_ALE/1766597‑1766777 | agcCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGAcatc < 2:73506/91‑1 (MQ=255) gcCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGAcatca < 2:2758960/91‑1 (MQ=255) cGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACatcatc < 1:1012295/91‑1 (MQ=255) ggTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCt < 1:3068657/91‑1 (MQ=255) ggTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCt < 2:368147/91‑1 (MQ=255) ggTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCt < 1:2328191/91‑1 (MQ=255) tataTGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTAttt > 2:2107445/1‑91 (MQ=255) atgatgCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTa < 1:3658462/91‑1 (MQ=255) gatgCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAAc < 2:1197367/91‑1 (MQ=255) gCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaata < 2:2631438‑M1/91‑19 (MQ=255) tttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatga < 1:2117476‑M1/91‑24 (MQ=255) tttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGAc > 1:3841140/1‑91 (MQ=255) ttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACt < 1:1571196‑M2/91‑2 (MQ=255) ttACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACt < 1:2038493‑M2/91‑2 (MQ=255) tACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatg < 1:1022401‑M1/91‑26 (MQ=255) tACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatg < 1:50216‑M1/91‑26 (MQ=255) tACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtg > 1:2425770‑M2/1‑89 (MQ=255) agcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTg > 1:3287113‑M1/57‑91 (MQ=255) agcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTg > 2:1063362‑M1/57‑91 (MQ=255) gcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGt > 1:1483241‑M1/56‑91 (MQ=255) cAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtc < 2:1790427‑M1/91‑28 (MQ=255) cAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtc < 2:3744582‑M1/91‑28 (MQ=255) aaGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtct < 1:3538549‑M1/91‑29 (MQ=255) aaGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtct > 2:1697410‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATATGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtct < 2:2695152‑M1/91‑29 (MQ=255) aGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTTCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctc < 2:2595633‑M2/91‑7 (MQ=255) aGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctc < 2:1792905‑M2/91‑7 (MQ=255) aGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctc < 2:1041972‑M2/91‑7 (MQ=255) gATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctcg < 2:3631799‑M2/91‑8 (MQ=255) aTTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctcgt < 1:346431‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctcgt < 1:99786‑M2/91‑9 (MQ=255) ttGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACtgtctcgtt > 1:182325‑M2/1‑82 (MQ=255) cattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGtt > 2:2063805‑M1/50‑91 (MQ=255) tGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACAgtctattagttaaaaatagatgatgtctcgttt < 1:3597807‑M1/91‑34 (MQ=255) tCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGttttt > 2:1860323/1‑91 (MQ=255) tCCATCAAAGCCCAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGttttt > 1:2968467/1‑91 (MQ=255) cATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTa > 1:946593/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTaa < 1:2028611/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTaa < 2:1114822/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTaa < 2:1114654/91‑1 (MQ=255) cAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtg < 1:2725024/91‑1 (MQ=255) aaaGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgt < 2:459224/91‑1 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa > 2:1396246/1‑91 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa < 1:579855/91‑1 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa > 1:815922/1‑91 (MQ=255) gCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaa < 1:251416/91‑1 (MQ=255) cTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGaaaa > 1:1736542/1‑91 (MQ=255) aaaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAtt > 2:2186107/1‑91 (MQ=255) aaaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAtt > 1:1338706/1‑91 (MQ=255) aaCATAATTAATTTGCTATAGCGTCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt < 2:3132764/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt < 1:288577/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAAttt > 1:2275390/1‑91 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAAtgtg > 2:2504337/1‑83 (MQ=255) aCATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTa > 2:3299435/1‑91 (MQ=255) aattaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCa > 1:1397203/1‑91 (MQ=255) ttaattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCaaa > 1:164898/1‑91 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt < 1:1277995/91‑1 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt > 1:2176770/1‑91 (MQ=255) taattTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAAt > 2:1793136/1‑91 (MQ=255) tttGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCAt > 1:1821930/1‑91 (MQ=255) gCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAg > 2:3072432/1‑91 (MQ=255) gCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAg > 2:2863593/1‑91 (MQ=255) 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catAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTcc < 1:2747983/91‑1 (MQ=255) atAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCa > 1:1747365/1‑91 (MQ=255) aaaGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAg > 1:1084336/1‑91 (MQ=255) aaaGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAg < 1:3808929/91‑1 (MQ=255) aGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGtt < 1:979817/91‑1 (MQ=255) aGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGtt > 2:3588249/1‑91 (MQ=255) gTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTa > 2:2269615/1‑91 (MQ=255) gTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTCTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTa < 2:3841140/91‑1 (MQ=255) 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gaCAgtctattagttaaaaatagatgatgtctcgtttactttatgatgctatagcaacttaattatgtttaggctttgatggacaatcttg > 2:2568818‑M1/1‑4 (MQ=255) GACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTg < 2:90852‑M1/91‑1 (MQ=255) GACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTg > 2:1313168‑M1/1‑91 (MQ=255) GACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTg < 1:3425754‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGc < 2:2244413‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGc > 1:253629‑M1/1‑91 (MQ=255) | GCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTA > USA300TCH1516_ALE/1766597‑1766777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |