| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 160 (0.840) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.9% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 129 (0.760) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1775283‑1775185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > USA300TCH1516_ALE/1775239‑1775328 ATAATAGTAAAACATCAGCTTTATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCG < 1:1686077/91‑1ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCG < 2:1699651/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 2:1183374/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 2:1180718/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:789259/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:1698626/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:2885137/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGGTTAACTTTGATCGG < 2:3294733/91‑1 AATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGA > 2:330172/1‑91 AATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGA < 1:2239456/91‑1 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC < 1:1855679/91‑1 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC < 1:2029789/91‑1 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCACAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 2:3505192/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 1:239948/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 2:3504945/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT < 1:1350214/91‑1 GTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 1:1058748/91‑1 GTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 1:2546550/91‑1 GTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 1:97658/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 2:611867/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT > 2:2612774/1‑91 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 2:2065849/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 2:2065989/91‑1 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT < 1:2399444/91‑1 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT > 2:754936/1‑91 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT > 1:3288512/1‑91 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT > 2:2734613/1‑91 TGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTT > 2:354545/1‑91 CCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTA > 1:3378774/1‑91 CCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTA > 2:1909805/1‑91 CCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTA > 1:164436/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:1059605/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 2:261797/1‑91 AAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTA > 2:2008306/1‑91 AAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTA > 2:449610/1‑91 TGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGTTGTTTTACTATTATTAATTAAATT > 2:831847/1‑91 CTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTT < 2:2853085/91‑1 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC < 2:90748/91‑1 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC > 2:1042656/1‑91 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC > 2:2678995/1‑91 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC > 2:1028680/1‑91 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TTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTT < 1:174008/91‑1 TTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTT > 2:1797365/1‑91 TTTCAGTTTTATAACACATCAATGAGTAAGCTGATGTTTGACTATTATTAATTTAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC < 1:3602529/91‑1 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTGATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC < 2:1836777/91‑1 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCTGTTTC > 2:3145737/1‑91 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC < 1:3129161/91‑1 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC < 2:2639208/91‑1 TTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCT > 1:1112939/1‑91 TTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCT < 2:2552755/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |