| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 160 (0.840) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.9% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 129 (0.760) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1775150‑1775329 | tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:1202504/91‑1 (MQ=255)tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:1462126/91‑1 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc > 2:3728625/1‑91 (MQ=255) ataataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtt < 1:2795617/91‑1 (MQ=255) taataTTTGAACCTTTCGGTCTACATAATAAAAACGCTCCAATCAAAGTCATCCCATTTGAGCGTAACCTTCGCATCGAGCTTCTCAcact > 2:2523934/1‑88 (MQ=255) taataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACttt > 2:510818/1‑91 (MQ=255) taataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACttt > 1:1723022/1‑91 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta < 1:550314/91‑1 (MQ=255) tatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat < 2:3056190/91‑1 (MQ=255) atTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTCTTCACTTTtata > 2:1642284/1‑91 (MQ=255) tttGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATaa < 2:2843444/91‑1 (MQ=255) ttGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAac < 1:265375/91‑1 (MQ=255) tGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAaca < 1:2093107/91‑1 (MQ=255) gAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAacac > 2:1137818/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACAt > 1:2539714/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc > 2:1558519/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc < 2:2967384/91‑1 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc > 2:3422472/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAAt > 1:3485473/1‑91 (MQ=255) cGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGa > 1:2914393/1‑91 (MQ=255) cGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGa < 2:1118831/91‑1 (MQ=255) ggTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAt > 1:2552755/1‑91 (MQ=255) ggTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAt > 2:238537/1‑91 (MQ=255) ggTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAt > 2:16010/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 2:1668203/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 2:1668110/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 1:1870796/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt < 2:2053805/91‑1 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 2:328115/1‑91 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa < 2:1389576/91‑1 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa > 1:1731442/1‑91 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:2000440/91‑1 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:3658922/91‑1 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:1037000/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTg < 2:885874/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTg > 2:2119365/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg > 1:2275788/1‑91 (MQ=255) taAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATCGCACATCAATGATTAAGCTGATGt > 2:3602529/1‑91 (MQ=255) tgaaaagctccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtt > 2:354545‑M2/57‑91 (MQ=255) aaaaaGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGttt > 1:3757369/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt > 2:2734613‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt > 2:754936‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa < 2:2065989‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa < 2:611867‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa > 2:2612774‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt < 1:1350214‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt > 1:239948‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTGTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt > 2:3505192‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta < 1:1855679‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatt > 2:330172‑M1/1‑91 (MQ=255) ccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta > 2:1909805‑M2/48‑91 (MQ=255) ccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta > 1:3378774‑M2/48‑91 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 2:1180718‑M1/91‑1 (MQ=255) caatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 1:1059605‑M2/47‑91 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATAAAGCTGATGTTTTACtattat < 1:1686077‑M1/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:2206683/1‑91 (MQ=255) tCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaa > 1:1568481/1‑91 (MQ=255) cAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaat > 2:2855194/1‑91 (MQ=255) aGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAttaactaa > 2:692296/1‑91 (MQ=255) tgacgctcaaatagtttaactttgattggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGTTGTTTTACTATTATTAATTAAAtt > 2:831847‑M2/37‑91 (MQ=255) tAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAAtt < 1:1754223/91‑1 (MQ=255) tAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAAtt > 1:785239/1‑91 (MQ=255) 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ttGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTg < 1:2855194/91‑1 (MQ=255) ttGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTg > 1:3263412/1‑91 (MQ=255) tGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGc < 2:215744/91‑1 (MQ=255) aGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGcgt > 2:302638/1‑91 (MQ=255) gCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGcgtc < 1:1086510/91‑1 (MQ=255) gCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGcgtc > 1:2403739/1‑91 (MQ=255) tCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGta < 1:52477/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGt < 2:3071994/91‑1 (MQ=255) 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tttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTGATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttc < 2:1836777‑M2/88‑1 (MQ=255) ttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttct > 1:1112939‑M2/3‑91 (MQ=255) tCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttctt > 1:2329482‑M2/2‑91 (MQ=255) tCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttctt < 2:427480‑M2/90‑1 (MQ=255) cACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttcttc < 2:2178455/91‑1 (MQ=255) cACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTttcttc > 1:868793/1‑91 (MQ=255) | TATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1775150‑1775329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |