| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 160 (0.840) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.9% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 129 (0.760) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1775096‑1775275 | agaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaa > 1:1112939‑M1/90‑91 (MQ=255)agaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaa < 2:2552755‑M1/2‑1 (MQ=255)aTTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAA < 2:3010865‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATATGAACCTTTCGGTATACATTATAAAA < 2:2221490‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAA > 2:550314‑M1/1‑91 (MQ=255) gaaacagaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaaa > 2:3145737‑M1/89‑91 (MQ=255) aaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaaaa > 2:1797365‑M1/88‑91 (MQ=255) aaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaaaa < 1:174340‑M1/4‑1 (MQ=255) aactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAg < 1:1072153‑M1/5‑1 (MQ=255) aaCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTAAATTTTAGTCTTATATATTATTATTCCCTTTCGGTCTCCACTACaaaataa > 2:691864/1‑88 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCt < 2:1748905‑M1/7‑1 (MQ=255) cTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCT < 1:447205‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCT < 1:2188589‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCT < 1:742270‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aTTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACTATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGAt > 1:3357637/1‑91 (MQ=255) aTTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGAt > 2:1961989/1‑91 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATc > 1:3175142/1‑91 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATc < 2:1445394/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATc < 1:2164682/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATc < 2:2855675/91‑1 (MQ=255) ttATATCCTCACTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCaa > 2:2671492/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAg < 2:2289158/91‑1 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAg < 2:2516728/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAAc < 1:3066585/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAAc < 2:3422726/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAAc < 1:1594491/91‑1 (MQ=255) cACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACt > 1:2846873/1‑91 (MQ=255) ttttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAtt < 1:2466302/91‑1 (MQ=255) ttttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAtt > 2:492445/1‑91 (MQ=255) ttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAg > 2:523744/1‑91 (MQ=255) 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aatttaattaataatagtaaaacaacagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCAATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCa > 2:831847‑M1/56‑91 (MQ=255) tctcTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaa < 2:1324791‑M1/91‑29 (MQ=255) tctcTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCaa < 1:1885589/91‑1 (MQ=255) ctctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAAc < 1:3244071/91‑1 (MQ=255) tctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACt < 1:554870/91‑1 (MQ=255) taattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACtt > 2:449610‑M1/52‑91 (MQ=255) taattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCAATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACtt > 2:2008306‑M1/52‑91 (MQ=255) tttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACttt > 2:3317806/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |