New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1789630 = | 195 (1.020) | 18 (0.110) | 12/138 | NT | 11.0% | intergenic (‑111/+59) | gapA2/coaE | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 2/Dephospho‑CoA kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1789673 = | 123 (0.750) | intergenic (‑154/+16) | gapA2/coaE | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 2/Dephospho‑CoA kinase |
GAAGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1789730‑1789630 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagtaatgactTATTTATAGTGTAATATTAATCTTCTTCTCCGTAATTCGGCTTTTCAATATAACCTTCTTCTTCTAACAATCTCTCAAGGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1789673‑1789761 GAAGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTA > 1:2856839/1‑91 GAAGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTA > 1:3635622/1‑91 GAAGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTA > 1:743503/1‑91 AGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAG > 1:1116885/1‑91 AGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAG > 1:32382/1‑91 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ATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGAC > 1:121615/1‑91 ATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGAC > 2:1434719/1‑91 CGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGACTTATTTATAG > 1:3832558/1‑91 TTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTGATG < 2:3441509/75‑1 TTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTGATG < 2:3441300/75‑1 TTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTCGATGTATGTAAGTAATG > 1:3441300/1‑75 TTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTCGATGTATGTAAGTAATG > 1:3441509/1‑75 TATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGACTTATTTATAGTGTAATATTAATCTTCTTCTCCG > 1:920824/1‑91 TACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGACTTATTTATAGTGTAATATTAATCTTCTTCTCCGTAA > 1:1958881/1‑91 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GAAGGTTATATTGAAAAGCCGAATTACGGAGAAGAAGATTAATATTACACTATAAATAAGTCATTACTTTACGTACGCGTTGATGTATGTAAGTAATGACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1789730‑1789630 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagtaatgactTATTTATAGTGTAATATTAATCTTCTTCTCCGTAATTCGGCTTTTCAATATAACCTTCTTCTTCTAACAATCTCTCAAGGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1789673‑1789761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |