| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1797508 | 171 (0.900) | 22 (0.130) | 15/146 | NT | 11.7% | coding (283/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1797517 | 176 (1.010) | coding (274/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR | |||||
TTTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1797412‑1797508‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agctatcCCAAATAGTGATAGCTATATTCAAAAAAGGGACGTTTTTATTTTTAATAAGAAGGTTAACGGTTATCATGTATGGATTAAAGGTTACAAT < USA300TCH1516_ALE/1797517‑1797428 TTTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATA > 2:420331/1‑91TTTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATA > 1:2897507/1‑91 TTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAt > 2:3510565/1‑90 TTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAG > 2:2830706/1‑91 TTCTGTAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAG > 1:3823186/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/1797412‑1797508‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agctatcCCAAATAGTGATAGCTATATTCAAAAAAGGGACGTTTTTATTTTTAATAAGAAGGTTAACGGTTATCATGTATGGATTAAAGGTTACAAT < USA300TCH1516_ALE/1797517‑1797428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |