New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1797508 | 171 (0.900) | 22 (0.130) | 15/146 | NT | 11.7% | coding (283/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1797517 | 176 (1.010) | coding (274/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGTTTTACAATTTTTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/1797427‑1797607 | tATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTgg < 2:2601423/91‑1 (MQ=255) aTTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGg > 1:2904874‑M2/1‑90 (MQ=255) tAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgatag < 1:3678679‑M2/91‑6 (MQ=255) aCCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgatagct < 2:1655329‑M2/91‑8 (MQ=255) ccTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCtt < 1:2880331/91‑1 (MQ=255) ccTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCtt < 1:3403330/91‑1 (MQ=255) 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ccATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg < 1:893630/91‑1 (MQ=255) ccATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg > 1:2450497/1‑91 (MQ=255) cATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGc < 1:725726/91‑1 (MQ=255) cATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGc > 2:3307025/1‑91 (MQ=255) cATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGc > 2:3089174/1‑91 (MQ=255) aTACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGcc < 2:835860/91‑1 (MQ=255) tACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCa < 2:225354/91‑1 (MQ=255) tACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCa > 2:209224/1‑91 (MQ=255) tACATGATAACCGTAAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCa < 2:2385781/91‑1 (MQ=255) aCATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCac > 2:3191780/1‑91 (MQ=255) aCATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCac > 1:3808496/1‑91 (MQ=255) aTGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCacta > 2:1388527/1‑91 (MQ=255) aTAACCGTTAACCTTCTTATGAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCCCAAATAGTgatagctatattcaaaaaagggacg > 1:3736909‑M2/1‑66 (MQ=255) tAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGATTATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaa > 2:1532228/1‑91 (MQ=255) tAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaa > 2:134123/1‑91 (MQ=255) tAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaa < 2:637920/91‑1 (MQ=255) aaCCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaaa < 1:841472/91‑1 (MQ=255) aaCCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaaa > 1:1563395/1‑91 (MQ=255) aaCCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaaa > 2:1428624/1‑91 (MQ=255) ccGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAaca < 2:3023245/91‑1 (MQ=255) ccGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAaca < 2:419068/91‑1 (MQ=255) cGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAacac < 1:1177860/91‑1 (MQ=255) cGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAacac < 2:1056014/91‑1 (MQ=255) gTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACAcc > 2:134804/1‑91 (MQ=255) 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cttATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg < 2:1879371/67‑1 (MQ=255) cttATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAAGACCTTTTTATCa < 1:2982775/91‑1 (MQ=255) ttattaAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCAt > 2:385445/1‑91 (MQ=255) ttattaAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCAt > 2:2061086/1‑91 (MQ=255) taaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCtt > 1:930128/1‑91 (MQ=255) aaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTa < 1:645802/91‑1 (MQ=255) aaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTa > 2:189876/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAg > 1:1902260/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |