| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1797508 | 171 (0.900) | 22 (0.130) | 15/146 | NT | 11.7% | coding (283/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1797517 | 176 (1.010) | coding (274/1665 nt) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGTTTTACAAT > USA300TCH1516_ALE/1797418‑1797598 | tAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATC < 2:380381‑M1/91‑1 (MQ=255)tAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATC < 2:2494020‑M1/91‑1 (MQ=255)tAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATC < 2:1729125‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTAttt > 1:409193/1‑91 (MQ=255) ttATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTg > 2:625628/1‑91 (MQ=255) tATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTgg < 2:2601423/91‑1 (MQ=255) gTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgata > 2:2070674‑M2/1‑87 (MQ=255) gTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgata < 1:3253204‑M2/91‑5 (MQ=255) aaCCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgatagc > 2:2064992‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgatagc > 2:135367‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATACAGCTATCACTATTTGGgatagc > 1:3807‑M2/1‑85 (MQ=255) aCCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGgatagct > 1:1039389‑M2/1‑84 (MQ=255) ccTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCtt < 1:3403330/91‑1 (MQ=255) ccTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCtt < 1:2880331/91‑1 (MQ=255) ccTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCtt < 1:2382628/91‑1 (MQ=255) tttAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCccaaatagtgatagatata < 2:983769‑M1/91‑20 (MQ=255) ttgatccATACATGATAACCGTTAACCATCTTATGAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCccaaatagtgatagctatat < 2:2488473‑M1/88‑21 (MQ=255) ttAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCCCAAATAGTgatagctatat > 1:981444‑M2/1‑80 (MQ=255) tAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAg > 2:3667838/1‑91 (MQ=255) tAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAg > 2:34518/1‑91 (MQ=255) aTCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCCCAAATAGTgatagctatattca > 1:2912790‑M2/1‑77 (MQ=255) aTCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTTGGATAGCTTTCAGtt > 1:1154983/1‑91 (MQ=255) aTCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGtt > 2:378329/1‑91 (MQ=255) aTCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGtt > 1:3524360/1‑91 (MQ=255) tCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGttt < 2:852887/91‑1 (MQ=255) ccATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATCTTTCTCTCACTATTTGTgttagctatattctac < 2:2194254‑M2/91‑17 (MQ=255) ccATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg > 2:3054540/1‑91 (MQ=255) cATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGc < 1:725726/91‑1 (MQ=255) aTACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGcc < 2:113303/91‑1 (MQ=255) aTACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGcc < 2:835860/91‑1 (MQ=255) tACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCa > 2:209224/1‑91 (MQ=255) tACATGATAACCGTAAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCa < 2:2385781/91‑1 (MQ=255) aCATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCac > 2:3191780/1‑91 (MQ=255) aCATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCac < 2:3230092/91‑1 (MQ=255) aTGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCacta < 1:639978/91‑1 (MQ=255) tGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCactac > 2:35191/1‑91 (MQ=255) aTAACCGTTAACCTTCTTATGAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCCCAAATAGTgatagctatattcaaaaaagggacg > 1:3736909‑M2/1‑66 (MQ=255) tAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTaa > 2:134123/1‑91 (MQ=255) 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tAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCtt > 2:1933993/1‑91 (MQ=255) tAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCtt > 2:1933902/1‑91 (MQ=255) aaCCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCttt > 1:3666060/1‑91 (MQ=255) ccTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCttttt > 1:1004854/1‑91 (MQ=255) ccTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCttttt > 1:3046378/1‑91 (MQ=255) tcttATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATc > 1:1745324/1‑91 (MQ=255) cttATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg > 1:1879371/1‑67 (MQ=255) cttATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTg < 2:1879371/67‑1 (MQ=255) ttattaAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTTGGTTAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCAt > 2:2060238/1‑91 (MQ=255) ttattaAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCAt > 2:385445/1‑91 (MQ=255) attaAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGc < 1:2433163/91‑1 (MQ=255) taaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCtt > 2:543369/1‑91 (MQ=255) taaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCtt > 1:2529526/1‑91 (MQ=255) taaaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCtt > 1:930128/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTATCAGTTTGCCACTGCTAAACACCTTTTTATCATCCTTAg > 1:3604933/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaaCGACCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAg > 1:2982008/1‑91 (MQ=255) taaaaaCGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTAt > 1:2179056/1‑91 (MQ=255) 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aaTATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGc > 1:2175786/1‑91 (MQ=255) atatAGCTATCccaaatagtgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaa < 1:180849‑M1/91‑81 (MQ=255) tataGCTATCACTATTTGGgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaaa < 2:2680569‑M2/91‑73 (MQ=255) tataGCTATCACTATTTGGgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaaa < 2:1790458‑M2/91‑73 (MQ=255) taGCTATCACTATTTGGgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaatggttatcatgtatggattaaagg < 2:2713643‑M2/91‑75 (MQ=255) taGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATACTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGtt > 1:361328/1‑91 (MQ=255) aGCTATCccaaatagtgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaaaggt < 2:1655329‑M1/91‑85 (MQ=255) aGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGttt > 1:1227713/1‑91 (MQ=255) 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aTCACTATTTGGgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaaaggttaca < 1:110140‑M2/91‑80 (MQ=255) tCACTATTTGGgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagaaggttaacggttatcatgtatggattaaaggttacaa < 2:3156957‑M2/91‑81 (MQ=255) tCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGTTTTACaa > 2:439878/1‑91 (MQ=255) tCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGTTTTACaa < 1:2260058/91‑1 (MQ=255) cccaaatagtgatagctatattcaaaaaagggacgtttttatttttaataagatggttaacggttatcatgtatggattaaaggttacaat < 1:3266745‑M1/91‑91 (MQ=255) | TAATATCGTTATTGTAACCTTTAATCCATACATGATAACCGTTAACCTTCTTATTAAAAATAAAAACGTCCCTTTTTTGAATATAGCTATCACTATTTGGGATAGCTTTCAGTTTGCCACTACTAAACACCTTTTTATCATGCTTAGTTATCAATAAATCTATATTTTGCTGTTTTACAAT > USA300TCH1516_ALE/1797418‑1797598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |