| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836947 | 130 (0.680) | 17 (0.110) | 10/132 | NT | 13.5% | intergenic (+31/+119) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836967 | 111 (0.710) | intergenic (+51/+99) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase | |||||
TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaagCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGATT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836878 TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCA < 2:1899553/91‑1TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCA < 2:3311178/91‑1TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCA < 2:2698014/91‑1 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:503256/1‑91 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA > 2:669658/1‑91 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA > 1:2407005/1‑91 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA > 1:2302699/1‑91 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA < 1:2215613/91‑1 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA < 1:1131266/91‑1 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 1:3111908/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA < 1:1131227/91‑1 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 2:2606219/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 2:2606276/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 2:3108566/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA < 1:1280241/91‑1 ATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAAT > 1:866239/1‑91 ATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAAT > 1:2129410/1‑91 ATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAAT < 1:2445119/91‑1 TGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 1:1440787/1‑91 TGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 1:1303060/1‑91 TGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 2:1890970/1‑91 TGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC < 2:423278/91‑1 TGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTCAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 2:3481368/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 2:2202750/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:3795141/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:1204501/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 2:2202671/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 2:2202722/91‑1 ACTTAAACAAGTTGGTGAGTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 2:2808128/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAg < 2:50448/91‑2 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 2:2901929/1‑91 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG > 2:2339161/1‑91 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 2:3329260/91‑1 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG > 2:1037976/1‑91 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 1:3467876/91‑1 GTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAG > 1:3589285/1‑91 GTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAAT < 1:3554495/91‑1 AATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTC < 1:1756056/91‑1 AATCAAATTGTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTC < 1:3711440/91‑1 ATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCT < 2:3589285/91‑1 ATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCT < 1:735139/91‑1 CAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTC < 1:3087407/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 2:1862666/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 1:2028850/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 2:231613/91‑1 TTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGG < 2:3881496/91‑1 TTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGG < 2:2895672/91‑1 TTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGC < 2:2350256/91‑1 TTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCA < 2:3205389/91‑1 CACTACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATT < 1:3010999/91‑1 CACGACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTAGGCATT < 1:3010936/91‑1 CACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATT < 2:631508/91‑1 AAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTG < 2:2734238/91‑1 AAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTG < 2:182485/91‑1 AAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGT < 1:2092753/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGGATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG > 2:3184361/1‑91 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:1651431/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:2021302/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:1651437/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:151783/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 1:851483/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGACTACTTGGGATTTTGAATTTACATAAATCGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG > 2:3184427/1‑91 ATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGA > 1:1963498/1‑91 ATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGA > 2:1664077/1‑91 ATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGA > 2:1663969/1‑91 TGCCATGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA < 2:2422345/91‑1 GCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAA > 1:2175371/1‑91 GCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAA > 1:841034/1‑91 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAca > 2:900844/1‑89 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 2:3209322/1‑91 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 2:900717/1‑91 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 1:3708411/1‑91 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 1:2674267/1‑91 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT < 1:2505599/91‑1 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT < 1:380457/91‑1 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:1408853/1‑91 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:1492697/1‑91 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT < 1:1771137/91‑1 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:2767977/1‑91 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT > 1:93200/1‑91 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT < 1:1168743/91‑1 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT < 2:3309646/91‑1 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT > 1:1190468/1‑91 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT > 1:1215671/1‑91 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT < 1:2012721/91‑1 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT < 1:2012737/91‑1 AGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTT < 2:358204/91‑1 AGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTT < 2:2284672/91‑1 GAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTG < 1:2416545/91‑1 GAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTG > 2:2446892/1‑91 GAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTG < 1:2414608/91‑1 AAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGA > 2:2787142/1‑91 AAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGA < 2:1363276/91‑1 GCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCCTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGATT < 1:3618033/91‑1 TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaagCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGATT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |