| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836947 | 130 (0.680) | 17 (0.110) | 10/132 | NT | 13.5% | intergenic (+31/+119) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836967 | 111 (0.710) | intergenic (+51/+99) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase | |||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCATTCACTA > USA300TCH1516_ALE/1836857‑1837037 | gttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaagaag < 2:3525522‑M1/14‑1 (MQ=255)cTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 1:3467876‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 2:826274/91‑1 (MQ=255) ttAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCAGAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 2:1854015/91‑1 (MQ=255) tAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGAc < 1:1712729/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACa > 2:663027/1‑91 (MQ=255) aCAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACAtt < 1:3070072/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGa < 2:3163634/91‑1 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaag > 1:3589285‑M1/1‑82 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAt > 2:56048/1‑91 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAt > 1:3683998/1‑91 (MQ=255) ttGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAtt < 1:489085/91‑1 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCCAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:1327081/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 2:1720828/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:2197158/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:2507543/1‑91 (MQ=255) gTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaat < 1:3554495‑M1/91‑14 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt > 2:2492925/1‑91 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt > 2:122598/1‑91 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACAGTACAGTCATAACCAATTTATGTAAGTTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt > 1:3094065/1‑91 (MQ=255) gAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTc < 1:33038/91‑1 (MQ=255) aTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCa < 2:1313044/91‑1 (MQ=255) tACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAt < 2:1564321/91‑1 (MQ=255) tgtagtgaatgattgagccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 2:127744‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:2323644‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:1567952‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 1:1142845‑M1/59‑91 (MQ=255) gtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg > 2:2176734‑M1/58‑91 (MQ=255) gtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg > 1:1811648‑M1/58‑91 (MQ=255) tagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGc > 2:1167365‑M1/57‑91 (MQ=255) tagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGc > 2:1588310‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAGGAAGACATTGGATTACTTCCATTGc < 1:3618033‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtc < 1:1756056‑M1/91‑22 (MQ=255) aaTCAAATTGTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtc < 1:3711440‑M1/91‑22 (MQ=255) agtgaatggttgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGct > 1:2601887‑M1/56‑91 (MQ=255) agtgaatgattgaaccaaaggtgtcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGGAGACATTGGATTACTTCCATTGct > 1:56938‑M1/56‑91 (MQ=255) tCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGctt < 2:1363276‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt < 1:2012721‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt > 1:1190468‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttg > 1:1408853‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttg < 1:380457‑M2/91‑8 (MQ=255) ttttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttgg > 1:2674267‑M2/1‑83 (MQ=255) tgttcaCAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttgg > 2:900844‑M2/3‑83 (MQ=255) ttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga > 1:2426502/1‑62 (MQ=255) ttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 2:2426502/62‑1 (MQ=255) tCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcat > 2:1663969‑M2/1‑80 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACGATTTATGTAAATTCAAAATCCCAAGTAGTCATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt > 2:3184427‑M2/1‑79 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 2:151783‑M2/91‑13 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 2:2021302‑M2/91‑13 (MQ=255) caACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatttt < 2:2734238‑M2/91‑15 (MQ=255) tGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCa < 2:404418/91‑1 (MQ=255) gAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCat < 1:1761664/91‑1 (MQ=255) aaTTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCatt > 2:2798085/1‑91 (MQ=255) aaTTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCatt > 1:1070268/1‑91 (MQ=255) aTTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCatta < 2:1991477/91‑1 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattatt < 1:835350/91‑1 (MQ=255) gACGGTACAGTCCTAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCAttatta > 1:2967373/1‑91 (MQ=255) aCGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTaa < 2:673901/91‑1 (MQ=255) aCGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTaa < 2:485645/91‑1 (MQ=255) aCAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCa < 2:2590673/91‑1 (MQ=255) aGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCAtt < 2:2012737/91‑1 (MQ=255) tAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAAc > 1:2483882/1‑91 (MQ=255) aCAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCa < 2:3733299/91‑1 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:1524167/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 2:331575/1‑91 (MQ=255) tttATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAatat < 1:1577129/91‑1 (MQ=255) tATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGa > 1:1854176/1‑91 (MQ=255) tGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaaa > 2:3091070/1‑91 (MQ=255) tGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATCGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaaa < 2:3415005/91‑1 (MQ=255) gTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAAc > 2:2656178/1‑91 (MQ=255) aaaTTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCt > 2:3536844/1‑91 (MQ=255) aTTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCttt < 2:166426/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTg < 1:3392701/91‑1 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 1:102968/91‑1 (MQ=255) aaaaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttg < 2:182485‑M1/91‑78 (MQ=255) aaaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgt < 1:2092753‑M1/91‑79 (MQ=255) AAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTc < 1:2154252‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTc < 2:3209546‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTGCCTAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagtcgtg < 1:3010936‑M2/91‑60 (MQ=255) aaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtg < 2:1651437‑M1/91‑80 (MQ=255) aaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtg < 1:851483‑M1/91‑80 (MQ=255) AATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCa < 1:2802969‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtga > 1:1963498‑M1/1‑11 (MQ=255) tGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaa < 2:3205389‑M2/91‑62 (MQ=255) gCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaa < 2:2350256‑M2/91‑63 (MQ=255) GCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATc < 1:1086710‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaa > 2:900717‑M1/1‑8 (MQ=255) ccAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaa < 2:2895672‑M2/91‑64 (MQ=255) CCAAGAATACATTGGATTACTTCCATTTCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCa > 2:1895480‑M1/1‑91 (MQ=255) CCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCa < 2:1640138‑M1/91‑1 (MQ=255) cAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaat > 1:2767977‑M1/1‑7 (MQ=255) cAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaat > 1:1492697‑M1/1‑7 (MQ=255) aagaagcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaatt > 1:93200‑M1/1‑6 (MQ=255) agaagaCATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaattt < 1:2028850‑M2/91‑67 (MQ=255) agaagaCATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaattt < 2:231613‑M2/91‑67 (MQ=255) AGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCATTc > 1:741260‑M1/1‑91 (MQ=255) gaagcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaatttg < 1:2414608‑M1/91‑88 (MQ=255) GAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCATTCa > 2:1416527‑M1/1‑91 (MQ=255) agaCATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttgtgaaaatttgat < 2:3589285‑M2/91‑70 (MQ=255) AGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCATTCACt < 1:2258161‑M1/91‑1 (MQ=255) | CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTTCAATCATTCACTA > USA300TCH1516_ALE/1836857‑1837037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |